Fue un Ratsmusiker, lo que significa que sus raíces profesionales se remontaban a los trompetistas que acostumbraban mantener los relojes de las torres de la ciudad y hacían señales con sus trompetas. Como tal, se ganó la vida como miembro de varias bandas del pueblo. A través de los años, los Ratsmusiken evolucionaron hacia un grupo que proporcionaba música para las funciones cívicas y hacia el siglo XVII tenían instrumentos de cuerda así como bronces. Pezel no pasó su carrera completa en el área de Bautzen. En primer lugar, hay evidencia de que viajó ampliamente antes de recibir su primer nombramiento.

Frontispicio de la edición de "Hora decima musicorum Lipsiensium" de Johann Christoph Pezel - 1670

ivió en Leipzig desde 1661 a 1681, con una interrupción en 1672, cuando entró en un monasterio Agustino en Praga, que sin embargo abandonó poco después para volverse protestante. En Leipzig los sacerdotes decidieron en 1664 aumentar su banda del pueblo de siete miembros a ocho y Pezel consiguió el trabajo, desempeñándose como "cuarto Kunstgeiger" (la palabra significa algo como "artista/violinista"). En 1670, Pezel fue promovido a Stadtpfeifer (flautista de la ciudad) que era un rango de músicos equivalente a "Meister" en un grupo de diestros.

Pezel hizo algunos esfuerzos para encontrar un trabajo diferente y una vez solicitó el puesto de Chantre de St. Thomaskirche en Leipzig (futuro puesto de Johann Sebastian Bach) y otra vez para un cargo en el Ratsmusiken de Dresde. Sus años más tarde los pasó en Bautzen, donde (como en Leipzig) estuvo en un empleo municipal como Stadtpfeifer y Stadtmusicus. Fue renombrado como violinista e intérprete de clarinete y publicó entre 1669 y 1686 un número considerable de colecciones, principalmente de música instrumental.

Edición discográfica con una obra de Johann Christoph Pezel

La música importante de Pezel es para corneta o conjuntos de trombones, Ratsmusik típico. Mientras trabajaba en Leipzig, esta música de bronces se tocaría dos veces al día desde la torre del pueblo, o Rathaus. Está reunida en su primer trabajo publicado importante, "Hora decima musicorum", que apareció en 1670, donde su nombre aparece como Joanne Pezelio, aunque firmó la dedicatoria como Johann Bezeld. A través de los años usó una variedad enigmática de versiones diferentes de su nombre, como Petzoldt, Bezel, Bezelius, Petzel y Pecelius. La última variante es infortunada porque hay un Johannes Pecelius que era un músico Checo, de lo que ha resultado una confusión. Otras de sus publicaciones son "Musica vespertina lipsica" (1669), "Musicalische Seelenerquickungen" (1675), "Deliciae musicales,  oder Lustmusik" (1678), "Funf-stimmigte blasende Music" (1685), "Musica curiosa lipsiaca" (1686), etc.; también un poco de música sacra vocal y obras teóricas.

El "Hora decima musicorum" comprende 40 sonatas en un movimiento para vientos o cuerdas, el tipo de figuraciones usado muestra que se concibió como música para bronces y las sonatas están agrupadas de acuerdo a la tonalidad.  La "Fünf-stimmigte blasende Music" es un grupo de 76 piezas para vientos, principalmente  intradas pero incluyendo también algunos movimientos de danza. La música es viva y muestra que Pezel era un buen compositor dentro de las posibilidades limitadas de este género.  Fue influyente en la evolución de las formas instrumentales y en el estilo de la escritura orquestal.