Hijo de François Pignon, músico de la cámara real y de Marie Serru. En los primeros años que René pasó en la corte, François centró toda la atención posible en su educación musical y su precocidad queda demostrada por el hecho de que ya en septiembre de 1660, con sólo quince años, reemplazó a su padre como flautista en la cámara real. Lo cierto es que a partir de 1667, cuando François Pignon se convirtió en propietario de la granja en la aldea de Migalon Etambé, cerca de Thouars, René tuvo más oportunidades para sustituir a su padre en sus funciones tanto en la Chambre como en la Ecurie.

Su madre había muerto después de dar a luz a su segundo hijo, François-Javier, que no vivió y en 1664, François Pignon se casó en segundas nupcias en la iglesia Saint-Médard de Thouars con Jeanne Bouillaud, viuda de Nicolas Cardin, maestro cirujano. Jeanne Bouillaud murió en 1674, dejando cuatro hijos: Luis, Thouars Medard, Ann y Ambroise. Parece que desde esa época los viajes de François Pignon lejos de París y de la Corte se multiplicaron, dando a su hijo más oportunidades para hacer valer su talento en el grupo de los músicos del rey. Viudo por segunda vez, se casó con su tercera esposa María Gabillon, alrededor de 1680.

En la época en que René asumió poco a poco la sucesión de su padre, es difícil saber a veces si los testimonios se refieren a François o a su hijo. En todo caso, siendo la flauta la que hizo célebre a René Pignon Descoteaux, es casi seguro que comenzó su carrera tocando la flauta dulce como su padre antes que él. En esta fecha, 1677, François Pignon seguía recibiendo una porción de su salario como músico de la Grande Ecurie. Pero el año siguiente es su hijo quien aparece nombrado por primera vez de manera oficial en las ‘Comptes des Menus Paisirs’ como ‘musicien de la Chambre’, con un salario anual de 600 libras, desde el 28 de enero de 1678. Desde ese momento podemos decir con certeza que René Pignon tomó parte en todos los eventos de la música real en que fue invitado a participar. Su  nombre aparece entre los 21 intérpretes de flautas y oboes que fueron contratados para las 29 representaciones del Ballet du Triomphe de l'Amour en enero y febrero de 1680 en Saint-Germain-en-Laye.

René vivía en Paris, rue de Charonne, en el faubourg Saint-Antoine, parroquia Saint-Paul. A algunos pasos se encontraba la rue Saint-Antoine donde vivía Philbert Rebillé, el otro gran flautista de este período, con quien trabó amistad. Tuvieron muchas oportunidades para tocar juntos. 

Su padre, ya viejo e incapaz de mantener el ritmo agotador de la vida musical en la Corte, pensó que era hora de dejar todo finalmente a ese hijo que parecía tan comprometido en la profesión. Así, el 9 de abril de 1688 se emitió un certificado por el Secretario de la casa real, Jean-Baptiste Colbert, en que se traspasaban definitivamente a René algunas de las obligaciones de su padre. En diciembre del año siguiente, el mismo Secrétariat de Versailles entrega a René Pignon el certificado que lo hace ‘musicien du roi à part entière, lui reconnaissant le statut, en survivance de son père, de hautbois et musette de Poitou à la Grande Ecurie et de hautbois et joueur de flûte douce de la Chambre’.

Desde su nombramiento oficial y durante los siguientes treinta años, René Pignon Descoteaux fue reconocido por unanimidad por lo que era, un músico excepcional. A lo largo de este período, abundan los testimonios y todos son compatibles. Durante este período probablemente se dedicó a componer, especialmente obras para su instrumento favorito y que lo hizo famoso, la flauta traversa. No se conocen publicaciones de sus obras.

Aunque el nombre de Descoteaux continúa figurando en las listas de oficiales de la musique du roi, las menciones de sus prestaciones en público se hicieron más raras a partir de 1704. Es preciso esperar hasta el año 1710 para volver a encontrarlo en Versalles, en los departamentos de la duquesa de Borgoña, con ocasión de una visita del rey. Ese  año se proporcionó a René Pignon el cargo de ‘huissier avertisseur des Ballets’, después de la muerte de Jean-Louis Brunet, a quien sucedió. Este cargo permitía a un músico, generalmente de edad, sustraerse poco a poco de las limitaciones impuestas por una vida musical intensa. Encargado de velar por la buena organización de los espectáculos, era una especie de régisseur exclusivamente dedicado a  los problemas relacionados con la música. Luego, el 22 de julio de 1714, renunció a su cargo de oboísta y musette de Poitou de la Grande Ecurie, heredado de su padre, y algunos años más tarde, en 1717, es su puesto de flautista de la Chambre el que cede en vida a Jacques Hotteterre.

Retirado de las actividades musicales, se dedicó a la otra gran pasión de su vida: el cultivo de las flores y de las tulipas en particular. Tal vez había adquirido amor por estas flores durante su viaje a Hollanda cuando, joven músico, se fue a Nimègue en compañía del violinista Jean-Baptiste Anet. Fue sin duda en medio de sus tulipas, que amaba tanto, que lo sorprendió la muerte algunos años más tarde