El 23 de enero de 1595, fue nombrado en el mismo cargo en Nuesta Señora del Pilar, Zaragoza, donde permaneció durante 17 años; Diego Pontac fue allí uno de sus alumnos.

El 1 de marzo de 1596 el capítulo catedralicio autorizó a Pujol para ir a Jaca para recibir las órdenes menores y se hizo sacerdote en agosto de 1600. Desde 1612 hasta su muerte fue maestro de capilla de la Catedral de Barcelona. Durante este periodo evaluó la música publicada en libros litúrgicos en la diócesis, fue consultor de proyectos para construcción de órganos en la región y dirigió la capilla de San Jordi en el Palau de la Generalitat.

Pujol fue uno de los compositores más prolíficos de música sacra y secular de su tiempo. Una serie de motetes de Adviento escritos en Tarragona y otras obras de Santa María del Mar en Barcelona, sin embargo, se han perdido. Sus obras poli corales son notables por sus efectos antifonales y rítmicos de altos recursos. Fue particularmente exitoso en el tratamiento del cantus firmi de tono de salmo.

Aunque muy apreciado en su tiempo, es uno de los compositores más atacados en la historia de la música española: la división de Collet de la  polifonía española en las escuelas regionales según su grado de 'misticismo' asigna a los compositores catalanes, sobre todo a Pujol, el peor lugar. Otros han repetido y se han extendido en tales juicios negativos. En los últimos años, sin embargo, ha habido un interés renovado  en este compositor cuya obra se ha diseminado ampliamente y todavía necesita ser catalogada.