Durante más de 50 años allí trabajó para las familias patricias adineradas, así como para la iglesia, como músico y burócrata. Fue maestro di cappella en Santa María Maggiore desde 1591 hasta 1621 y parece haber ocupado un puesto similar en San Marcello al Corso; también trabajó como músico en el Oratorio del Crocifisso en numerosas ocasiones entre 1595 y 1618. Se convirtió en ciudadano romano en 1594. En 1606 su "Il carro di Fedeltà d'Amore" se realizó en un carro decorado en las calles de Roma durante las celebraciones pre-cuaresmales. Pietro della Valle, que escribió el texto, declaró después que ‘fue la primera acción dramática o representación músical que se había oído alguna vez en esa ciudad ', una afirmación exagerada. Entre aproximadamente 1605 y 1608 Quagliati estaba en el servicio del cardenal Odoardo Farnese, a quien dedicó su volumen de madrigales de 1608. La página de título de esta publicación lo describe como organista de Santa María Maggiore, un puesto que probablemente mantuvo hasta su muerte. También se sabe que tocaba el órgano en otras iglesias romanas en ocasiones especiales.

El respeto en que fue tenido por sus contemporáneos es confirmado por la dedicatoria a él de "Giardino musicale" (1621), una antología de canciones y dúos de ocho compositores romanos, Frescobaldi entre ellos. Durante los últimos años de su vida estuvo al servicio de la familia Ludovisi. Cuando el cardenal Alessandro Ludovisi se convirtió en el Papa Gregorio XV en 1621, fue nombrado protonotario apostólico, y camarero privado del papa. Para la boda en 1623 del sobrino del papa Nicolò Ludovisi con Isabella Gesualdo (hija del compositor) escribió la colección "La sfera armoniosa", cuya impresión incluye un retrato suyo grabado por Ottario María Leoni. Cuando el papa murió por ese año  Quagliati permanecía en el servicio de la familia Ludovisi. Murió siendo un hombre adinerado y fue enterrado en Santa María Maggiore.

Las primeras publicaciones personales de Quagliati fueron de canzonettas a tres voces: publicó una antología sacra en 1585 y dos volúmenes seculares en 1588, mostrándose como un entusiasta por las formas más ligeras que demostraron ser texturalmente tan importantes para el emergente estilo Barroco. Nunca fue un madrigalista serio, por lo que la transición a la monodia y el madrigal concertado fueron quizás fáciles para él. Fueron sus alumnos el compositor Pietro Della Valle y el musicólogo Giovanni Battista Doni.

"Il carro di Fedeltà d'Amore" es una obra festiva breve, que consiste principalmente en cortos solos y dúos y acaba con un madrigal concertado a cinco voces; no debe considerarse como una miniatura o proto-ópera. Las numerosas otras piezas que siguen al propio "Carro" incluyen cuatro madrigales solos que probablemente son los primeros en Roma realmente compuesto como tales, aunque las  versiones solas de las obras de 1608 los precedieron. La obra secular más sustancial de Quagliati es "La sfera armoniosa", que comprende 25 números, la mayoría solos y dúos, con una parte de violín concertado;  cinco madrigales son diversamente adaptados de la colección de 1608. Su "Ricercate e canzoni" (1601, no perdido como declaró Kast) despliega rasgos conservadores asociados a menudo con las formas de contrapunto más estrictas. Las obras sacras de Quagliati, que van desde monodias a obras para doce voces, han sido poco estudiadas. En todas sus obras Quagliati usó armonía clara, principalmente diatonica y adoptó un acercamiento conservador al tratamiento de la disonancia.