Giovanni Francesco siguió en gran medida los pasos de su padre: fue nombrado organista de Santa María Maggiore, Bérgamo, el 12 de enero de 1695 y vicemaestro di capella el 9 de mayo de 1712. Sin embargo, en la competencia para maestro el 29 de diciembre de 1717 perdió contra  Giacomo Gozzini.

Giovanni Battista era reconocido como un maestro muy capaz, intérprete y compositor. Una gran parte de su producción indudablemente se ha perdido. De su música publicada, sólo han sobrevivido dos colecciones de motetes solos y un oratorio. Otros motetes aparecen en colecciones de Federico Vigoni (1692), C. M. Fagnani (1695) y Marino Silvani (1670).

En su dedicatoria Quaglia clasifica los "Motetti sacri" de 1668 como ‘la primera creación del Cicala d'Eunomio' (el grillo de Eunomio). Compuso el oratorio "La vittoria di David contro Golia", dedicado al ‘Illustrissimo Signor Canonico Giacomo Pezzoli', para el domingo que sigue a la fiesta de María Magdalena, para ser cantado en la Catedral de Bérgamo.