Rovetta comenzó su carrera musical como niño soprano en la Basílica de San Marco de Venecia. Allí trabajó desde 1615 hasta 1617 como instrumentista. El 17 de Diciembre de 1623 se convirtió en bajo cantor y el 22 de Noviembre de 1626 fue finalmente nombrado Vice-maestro de capilla. Maestro de capilla de la insigne Cappella Marciana de la Basílica era en ese momento Claudio Monteverdi, y luego en  1644 Rovetta, llamado “Signor Rueti" asumió el cargo que mantuvo hasta su muerte en 1668.

Edición de "Motetti Concertati" de Giovanni Rovetta - 1635

La influencia de las composiciones de Monteverdi es evidente en muchas de las de Rovetta. Un gran impulso para la carrera de Rovetta se ofreció en 1638, cuando el embajador francés en Venecia le encargó la composición de música festiva para celebrar el nacimiento del heredero del trono francés, el futuro rey Luis XIV. Posteriormente, publicó su colección de música “Messa, e Salmi Concertati”, que contiene una Misa, doce salmos y un Magnificat.

También publicó cuatro colecciones de motetes y tres colecciones de Madrigales. Las cualidades y virtudes de esta obras, del mismo nivel  de las de Alessandro Grandi y de Ignazio Donati, se manifiestan claramente en el “Salve Regina” para dúo de tenores, donde la declamación, el contrapunto y la invención armónica se mezclan con el texto con habilidad y emoción.

Dota de partes instrumentales sus misas y salmos ceremoniales (Opus 4, 1639), mientras que sus cuatro colecciones de motetes están instrumentadas de manera más íntima, para dos a cuatro voces y órgano.
Del mismo modo, sus tres volúmenes de madrigales cubren un amplio rango de efectos y de formas que deben mucho a Monteverdi. Sabemos que a fines de la década de 1640 Rovetta produjo dos óperas, actualmente perdidas.

En su estilo a menudo parece pesar la sombra de Monteverdi, aunque algunas piezas están escritas con un encanto melódico distinto. Una misa ceremonial que data de 1639, fue una de sus obras más exitosas. Fue maestro de coro del Ospedale dei Derelitti (Ospedaletto) desde 1635 hasta 1647.