Cuando su padre murió sin dejar ningún legado, sin embargo, se lanza con fervor a darse a conocer como clavecinista y organista. Según la tradición trabajó con Marc-Roger Normand, llamado Couprin o Coprino (1663-1734), primo de Francois Couperin, organista y maestro di cappella en Turín. En 1725 , lo encontramos en París, donde se naturalizó, mientras que comienza a ganarse la vida como profesor de clavecín. Ya antes se había dado a conocer por la manera hábil y delicada con que tocaba el órgano y el clavecín.

Su incursión, como muchos de sus colegas, en la Opera Cómica , está documentada en piezas de Carlos Alexis Piron, el mismo año: “Le fâcheux veuvage” y “Crédit est mort” en el teatro de la Foire Saint-Laurent, especie de óperas-bufas cómicas con un solo personaje, que contiene muchas "chansons" de tipo popular y apropiadas para ser fácilmente recordadas. Según el cronista Jean-Benjamin de Laborde, Royer obtuvo un puesto de maestro de música en el Teatro de la Ópera (la Real Academia de la Música) que habría durado de 1730 a 1733. Esto coincide con la primera gran obra lírica de Royer, “Pyrrus”, puesta en escena el 19 de octubre de 1730 y que el Mercure de France, en la misma fecha, menciona en sus columnas: "Esta obra [...] hace honor al poeta y al músico por la hermosas piezas que contiene".

Edición discográfica de obras de Joseph-Nicolas Royer

Su Majestad quedó tan satisfecho con el talento y la capacidad del Sr. Royer, que el 15 de noviembre de 1734, el joven autor obtuvo la patente para el cargo de maestro de música de los hijos de Francia que compartió con Jean-Baptiste Matho. El 20 de marzo del año siguiente obtuvo la supervivencia del cargo de ‘chantre de la musique de la chambre du roi’, al que Matho había renunciado. La muerte de este último dejó a Royer como único titular del puesto de profesor de los niños reales y le permitió tener un privilegio de edición, el 3 de febrero de 1735, para posibles "piezas de órgano, clavecín, sonatas y otras obras de música instrumental de su composición. Unos años más tarde, el 5 de septiembre de 1739, fue con el ahora famoso ballet heroico “Zaïde, reine de Grenada”, cuya "música ha provocado mucho placer" (según el Mercure de France ) que Royer volvió a la escena, seguida pronto, el 23 de marzo de 1743 por una obra de similar factura, “Le Pouvoir de l’Amour”.

En 1748 obtiene la dirección del Concert Spirituel y se asocia con el violinista y maestro de canto Caperan et Mondonville para desarrollar y organizar allí la vida musical. Hizo construir un órgano en la sala de conciertos, invitó a virtuosos extranjeros (Caffarelli, Pugnani), revive el repertorio con obras como la Sinfonía con cuernos de caza de Jean Jacques Rousseau (23 de mayo de 1751), el estreno francés del Stabat Mater de Pergolesi (16 de abril de 1753), una sinfonía con dos clarinetes de Stamitz (1754), y también con obras de Johann Adolph Haase, y Nicolò Jommelli .

En 1753 es inspector general de la Ópera y repone a B. de Bury en el cargo de Maestro de Música de Cámara del Rey. Se preocupó de que los conciertos privados dados en la residencia del  mecenas La Pouplinière fueran de nuevo puestos en escena en el "Concert Spirituel". Murió antes de cumplir los cincuenta años y fue enterrado en su parroquia de Saint Roch. En reconocimiento a sus servicios, su viuda obtuvo un tercio de los beneficios del Concert Spirituel hasta 1762.