Nicolas tenía un hermano mayor llamado Jean-Pierre y tres hermanas llamadas Anne, Félicia (Felisa) y Claire. Luego de la muerte de su padre, el 15 de agosto de 1619, el joven Nicolás ingresó al colegio Jesuita de Carpentras. Al final de sus estudios, ingresó en la Congregación de la Anunciación de la Virgen María, el 14 de mayo de 1628 y en el otoño de ese mismo año, dejó su colegio para empezar a seguir los cursos de la Universidad de Aviñón. Recibió la tonsura en 1630, y tomó cursos de derecho y teología, como lo demuestran las dos actas notariales de 12 de marzo de 1632 y 27 de diciembre de 1633, que él refrendó como testimonio en calidad de estudiante de teología. En 1634, sin haber terminado sus estudios de derecho civil y canónico, abandonó la universidad sin recinbir sus títulos. El 27 de septiembre de 1635 fue ordenado subdiácono, diácono y sacerdote.

Edición discográfica de obras de Nicolas Saboly

En 1639 Nicolas fue nombrado organista y maître de chapelle de la catedral de Saint-Siffrein de Carpentras. Ocasionalmente fue empleado para festivales locales, como el 22 de septiembre de 1639, cuando el clero de Caromb le pidió tocar el órgano para la fiesta parroquial de San Mauricio; recibe por su actuación 10 florines y 12 sous. Su nombre desaparece de las cuentas de Saint-Siffrein después del 20 de junio de 1643, cuando fue reemplazado por el maître de chapelle David. Nicolás partió a Arles, donde también fue maître de chapelle desde 1643 hasta 1646, luego a la catedral de Aix-en-Provence (1652-1655), a Nîmes (1659). Finalmente se convirtió en maître de chapelle de la iglesia colegiata de Saint-Pierre de Avignon antes de 1668, hasta su muerte.

Como muchos sacerdotes de su tiempo, Saboly obtuvo varios beneficios eclesiásticos. El 16 de abril de 1633 se convirtió en capellán de Sainte-Marie-Madeleine en la catedral Saint-Siffrein de Carpentras, y mantuvo este beneficio hasta 1663. El 28 de marzo de 1658 fue galardonado con el grado de bachiller en leyes por la Universidad de Aviñón y obtuvo un certificado de estudios dejando constancia de que asistió a los cursos desde 1628 a 1634; recibió además un certificado de aptitud para la obtención de beneficios en las diócesis de Nîmes y de Uzès. Después de muchos traslados, el 10 de junio de 1660 obtuvo de la administración pontifical una pensión de 100 florines por asumir el priorato y el beneficio de Saint-Benoît-de-Cayran en la diócesis de Uzès. Regresó a Aviñón y obtuvo la capilla de Sainte-Marie.

El 21 de abril de 1671, por testamento dictado ante el notario François Julien en Marsella, Saboly instituyó a su sobrina Claire Saboly (esposa de Christophe Chardenas, burgués de Roquemaure (Gard)) su heredera universal. También lega 600 florines a su sirviente Isabeau Sevique, y reserva sobre el legado de su sobrina 600 florines de capital, haciendo 30 florines de renta anual que se pagarían al capítulo de Saint-Pierre de Avignon, para que después de su muerte sean celebradas dos misas cada semana en su memoria. Murió cuatro años después y está enterrado en el coro de la iglesia de Saint-Pierre en Aviñón.

Su reputación en Provenza se basa en sus noëls (villancicos), que publicó (al principio de forma anónima) en una serie de folletos desde 1668 hasta 1674. Estos incluyen 62 en provenzal (dos de los cuales son descritos como 'Noé viei') y siete en francés. Fueron diseñados para ser cantados como aires seculares populares de esa época, algunos de los cuales son tomados de las óperas de Lully. En 1699 se publicó una edición completa de los noëls provenzales. Su vivacidad, combinada con una cierta cantidad de color local, ha asegurado su supervivencia. Sus villancicos navideños en provenzal forman un monumento de poesía en 'langue d'oc' y se han reeditado constantemente hasta el día de hoy. Dos motetes y dos misas se atribuyen a Saboly, pero no se lo conoce de otra manera como compositor.