Se le llama "monsieur" porque su nombre no era conocido y es de hecho difícil encontrar algún detalle más sobre su vida. Su familia habría sido originaria del área de Pau, al sudoeste de Francia y eran protestantes. Se conocen pocos detalles de la vida de este compositor: ni el nombre de sus padres ni las fechas exactas de su nacimiento y muerte, si bien las investigaciones más recientes permiten descubrir que su nombre de pila habría sido Jean (otras fuentes mencionan el nombre de Augustin d'Autrecourt, Sieur de Sainte-Colombe) y que habría tenido como profesor al tiorbista y violista Nicolas Hotman. Se le designa como Jean de Sainte-Colombe le père, porque se le conoce un hijo, llamado Sainte-Colombe le fils (alrededor de 1660-1720), violista y compositor igualmente, cuyo rastro se ha encontrado cerca de Durham en Inglaterra.

La mayor parte de lo poco que sabemos sobre Sainte-Colombe proviene de documentos en los Archivos Nacionales franceses de París. Su música era desconocida hasta 1966, cuando se encontró en Ginebra el manuscrito de sus "65 Concerts à deux violes esgales, per due bassi di viola e viola sola". Otros dos manuscritos fueron encontrados en Edimburgo. Probablemente pertenecía a la pequeña nobleza de Lyon o de Borgoña. En 1678 es mencionado en París, donde vivió en la calle de Bétizy (ahora calle de Rivoli) en la parroquia de Saint-Germain l'Auxerrois. Tenemos noticias de su talento gracias a sus alumnos, entre los que se encuentran Danoville, Jean Desfontaines, Marin Marais, Pierre Méliton y Jean Rousseau, quien dice que Sainte-Colombe llegó a dominar el arte de la viola "a la perfección". Es probable que haya sido el introductor de la séptima cuerda de la viola da gamba.

Edición discográfica de Conciertos de Monsieur de Sainte-Colombe

Según elementos históricos y musicológicos solo parcialmente verificables, pero desarrollados por la trama del romance, Marais sería deudor de Sainte-Colombe del perfeccionamiento musical que lo llevó a ser 'ordinaire de la musique de la Chambre du Roi pour la viole', además de uno de los violistas y compositores franceses más famosos de su tiempo. Por cierto, también Marin Marais compuso un "Tombeau pour Monsieur de Sainte Colombe", inserto en su "2ème livre de Pièces de Viole" de 1701 como homenaje a su maestro.

En su "Parnasse François" (1732) Evrard Titon du Tillet nos entrega un vívido relato de Sainte-Colombe el hombre. Por él sabemos que el compositor 'daba conciertos en su casa en los que dos de sus hijas participaban, una en la viola tiple, la otra en el bajo, formando con su padre un Concierto de tres Violas´, probablemente ante un pequeño círculo de amigos y la nobleza local. Estas eran muy probablemente Françoise, que se casó con un Jean Varin, "burgués de París", el 22 de septiembre de 1669 y su hermana menor, Brigide. Según otras fuentes y reconstrucciones, habría instruido en la música también a un hijo natural, mencionado como 'Sainte Colombe el hijo' (Sainte Colombe le fils), conocido por su actividades en Inglaterra y en algunas composiciones existentes, incluyendo un Tombeau (tributo fúnebre) para Monsieur de Sainte Colombe, al parecer compuesto en 1701, obra que probaría la relación personal entre los dos Sainte-Colombe.

Existe una anécdota relatada por Titon du Tillet que presenta un aspecto de la relación maestro-alumno que unió a Sainte Colombe y Marin Marais, que sirvió de pauta para la novela de Pascal Quignard titulada “Tous les matins du monde” y la película del mismo nombre. En ella se le presenta como un hombre austero y alejado del ambiente de la corte francesa. Esto se debe seguramente a su modestia, que lo distanció de honores y a su concepción totalmente íntima del arte musical. Sabemos que era celoso con su arte, pero algunos comentarios tomados de otros escritos también especifican que era un gran aficionado a la música de su tiempo y en ocasiones daba conciertos en sus propios salones

En las lista de músicos de París de 1691 de Abraham du Pradel aparece una línea punteada en lugar de una dirección para Sainte-Colombe; su nombre no aparece en absoluto en el registro de impuestos de los músicos en 1696. Esto sugiere que se pueda haber muerto en algún momento en los años 1690. Entre los trabajos existentes de Sainte-Colombe hay 67 "Concerts à deux violes esgales" (partituras descubiertas por el pianista Alfred Cortot y encontradas entre sus papeles en 1966) y más de 170 piezas para la viola de siete cuerdas sola, haciéndole el más prolífico de los compositores franceses para viola antes de Marin Marais. Se puede tener, a través de las composiciones, una idea del virtuosismo de este maestro, que desde un principio ha sido querido por los intérpretes de viola.

La música de Sainte-Colombe se expresa en tonos profundamente meditativos y melancólicos, con una 'sirena grave', a menudo sombría y crepuscular, pero de aliento, encanto e intensidad extraordinarios. La calidad de su música, probablemente inconclusa y no destinada al público, es ampliamente reconocida hoy, a pesar del silencio y la incertidumbre que continúa rodeando la existencia personal de Sainte-Colombe.