Posiblemente con su padre como profesor, comenzó su carrera musical en 1705 como maestro de coro de la catedral de Urbino. Tres años después, en 1708, su padre lo llevó a Nápoles, donde llegaría a ser organista de la corte.Mientras estaba en Nápoles, Scarlatti empezó a trabajar en óperas. Su técnica era crear orquestaciones muy vívidas, líneas melódicas expresivas, y texturas armónicas variadas sobre ritmos vibrantes. Sus óperas fueron tan influyentes para muchos compositores operísticos italianos que Scarlatti formó y fundó la Escuela napolitana de Ópera. La escuela propiciaba un sabor italiano en la ópera, que contenía muy simples pero atractivas líneas melódicas, que se usaban como trampolines improvisados para los solos vocalistas, donde muchos coloraturas se incluían como cantantes populares. Así, los cantantes destacados, debido a sus posiciones musicales elevadas, parecían ser más importantes que la orquesta o el coro.

Edición discográfica con obras de Pietro Filippo Scarlatti

Un rasgo en el estilo operístico italiano era el uso del estilo de aria "da capo". El aria "da capo" estaba de moda en este periodo Barroco tardío y consiste en una forma A-B-A. A continuación de la sección B, están escritas las palabras ‘da capo’, que significa "volver al principio". Otras características eran el uso de una obertura italiana, o sinfonía, que consistía en tres secciones en tempi diferente (rápido-lento-rápido), y la inclusión de dos personajes cómicos que eran muy importantes para la trama. En 1728 su ópera "Clitarco" fue estrenada en  el Teatro San Bartolomeo de Nápoles. Desafortunadamente, la partitura de la misma se ha perdido.  

Otras obras importantes incluyen tres cantatas, una multitud de toccatas para teclado, y más de 600 cantatas de cámara que ponen estas composiciones al nivel más alto de esta forma de composición musical.

Las obras operísticas, las cantatas de cámara, y las toccatas de Pietro Filippo Scarlatti fueron muy influyentes sobre muchos compositores, como George Frideric Haendel, Johann Adolf Hasse y Domenico Scarlatti. Sus  estilos únicos de orquestación, textura armónica, y expresión melódica parecen como un puente entre el periodo Barroco tardío y la primera escuela  Vienesa del siglo XVIII.

El legado de Pietro Filippo Scarlatti está en sus cantatas de cámara y óperas. Aunque una cantata era originalmente una composición vocal, Scarlatti embelleció la cantata para ser similar a una cantata de iglesia, que normalmente eran escritas para coro, solistas vocales, órgano, y una orquesta pequeña; sin embargo, Scarlatti condensó la forma de la cantata para ser más pequeña en tamaño vocal e instrumental. En su legado operístico, Scarlatti usó la forma dramática para crear un estilo musical italiano de ópera que claramente influyó en otros compositores y creó el fin de un periodo polifónico instrumental y el principio de un énfasis en las melodías  y armonías simples.