El 17 de febrero de 1684 se hizo violinista en la corte real, al mismo tiempo que su hermano Alessandro era nombrado maestro di cappella. En 1690 se casó con Rosolina Albano, con quien tuvo por lo menos cinco hijos; ella murió en Palermo el 29 de junio de 1706. En febrero de 1691 se concedió permiso a Scarlatti para ir a Sicilia, donde permaneció durante 24 años aproximadamente.

En una postulación, fechada el 29 de junio de 1715, para el puesto de Kapellmeister auxiliar del Emperador Carlos VI, declara que había sido maestro di cappella en Palermo durante 26 años. Esto no fue en la capilla real, pero que estaba trabajando en Palermo como músico profesional lo demuestra su inclusión en la lista de miembros de la Unione dei Musici de la ciudad en enero y julio de 1694. En 1703 un 'dialogo a cinque voci', "La profetessa guerriera", se realizó en el Convento dell´Immacolata Concezione, Palermo, y dos oratorios en latín fueron presentados en el oratorio de la Arciconfraternita del SS Crocifisso, Roma, en 1699 y 1710.

Edición discográfica de obras de Francesco Scarlatti

Una comedia en dialecto, "Lo Petracchio scremmetore", se presentó en Aversa, cerca de Nápoles, en 1711, en colaboración con su cuñado Nicola Pagano. Un "Dixit Dominus" y una misa, ambos para 16 voces e instrumentos, junto con una cantata de cámara, "Belle pupille care", y una serenata, "Il nuovo sole", para el cumpleaños de Carlos VI datan del periodo en Palermo. Un cuarto oratorio, "Daniele nel lago de´ leoni", y un "Laetatus sum" para cinco voces y cuerdas también pueden corresponder a este periodo. A pesar del apoyo total del Kapellmeister, Johann Joseph Fux, la postulación de Scarlatti en 1715 para el puesto de vice-Kapellmeister en la corte vienesa fue infructuosa, aunque él declaraba haber perdido su puesto en Palermo debido a sus simpatías austriacas. Su "Miserere en Sol menor" fue compuesto probablemente para apoyar su postulación.

Scarlatti volvió a Italia continental; en febrero de 1719 cobró un sueldo correspondiente a su tiempo anterior en Nápoles. El mismo año viajó a Londres, quizás por invitación de Haendel o Geminiani; su nombre aparece en varios anuncios de conciertos entre 1719 y 1724. En enero de 1720 se le ofreció, pero parece haberlo rechazado, un puesto en Cannons en  Middlesex. El registro de matrimonios de San Giovanni in Porta, Nápoles, muestra que Francesco Scarlatti habría muerto en la época en que su hija Eleonora se casó allí con Alessandro Binda el 12 de julio de 1726 -una declaración incorrecta quizás incentivada por alguna disputa familiar a causa de sus segundas nupcias.

Hacia 1733 se había trasladado a Dublín, probablemente por recomendación de Thomas Roseingrave o Matthew Dubourg. Un desmentido en Faulkners Dublin Journal (11-14 de agosto de 1733) declarando que ‘Jane Scarlatti… ha escapado del llamado su marido' es la única indicación de que él volvió a casarse. En febrero de 1741 se anunciaba un concierto a beneficio de Scarlatti, que se encontraba enfermo y en difíciles condiciones. Es probable que muriera poco después.