Las portadas de sus impresos sobrevivientes indican que entre 1617 y 1620 era un instrumentista entre los músicos municipales en Guhrau, Silesia (ahora Góra, Polonia), y a partir de 1621 se desempeñó en un trabajo similar en la ciudad de Breslau. Una obra que escribió para una boda el 9 de mayo de 1645 muestra que estaba todavía trabajando en Breslau, pero ninguna música suya puede ser fechada entre 1626 y ese año. En 1621 escribió un "Actus gratulatorius" en honor del príncipe elector de Sajonia, que el 3 de noviembre de ese año, como representante del emperador, aceptó el homenaje de la Dieta de Silesia en Breslau, en ocasión también celebrada en el "Syncharma Musicum" de Heinrich Schütz, Kapellmeister del elector.

Schaeffer también escribió una obra para celebrar la boda, el 5 de noviembre de 1624, del duque Georg Rudolph de Liegnitz. En 1619 publicó "Himnos de Adviento y Navidad" para voz solista y bajo continuo. Su "Cantiones sacrae" de 1621 también comprende música de Adviento y Navidad, pero en estilo motete para ocho voces; Las 13 piezas de esta colección sin duda fueron motivadas por la predilección en Breslau por la música polifónica.

Como era de esperar de un músico en su posición, Schaeffer compuso una gran cantidad de música instrumental. Su "Pratum musicale", por ejemplo, consta de 58 danzas de cuatro partes con bajo continuo. Aquí el par de  pavana y galliarda establecido en la danza siempre está separado por una canzona e intrada. Les siguen la courante, ballet, volta y branle, todas las danzas que Arbeau había descrito en detalle. Una característica interesante es la incorporación de los llamados bailes en círculo, especialmente los de origen polaco (‘choreas quas vocant Polonicas’). El "Promulsis epuli musicalis", para sólo tres partes con bajo continuo, también incluye la allemande.