En mayo de 1601 se trasladó el joven Thomas Schattenberg a Hamburgo, donde permaneció durante más de un año. En la escuela Johannes de la ciudad recibió clases de música; la escuela mantenía un ingreso considerable por la capilla y los alumnos de más edad se hacían cargo del canto coral en las cuatro iglesias principales. Entre los varios excelentes organistas puede destacarse a Hieronymus Praetorius, que se había formado en Skt. Jacobi Kirke. Era un maestro de órgano muy solicitado, y es concebible que Schattenberg recibiera instrucción de él. En agosto de 1602 Schattenberg regresó a Flensburg, y luego de dos años, en julio de 1604 -poco después de la muerte de su padre- viajó a Copenhague. Debemos asumir que antes de su partida había solicitado y obtenido el puesto de organista en la Nikolai Kirke.

Hay poca información sobre Thomas Schattenberg en su larga actividad como organista en Copenhague: en julio de 1614 es mencionado por su nombre y título en Helsingør Skifteprotokol. Junto a su madre figura como heredero de la finca de su tío Martin (Morten) Swelund, que fue empleado en Elsinore. Como compositor Schattenberg es conocido por dos colecciones: "Jubilus S Bernhardi de nomine Jesu Christi Salvaloris nostri" (Copenhague, 1620), que consiste en 39 motetes de cuatro partes, y "Flores amoris" (Copenhague, 1622), una colección de 24 piezas de tres partes, principalmente sobre textos seculares alemanes, de los cuales sólo la parte 'bassus' sobrevive.

En las cuentas de la escuela de Nuestra Señora de 1622/23 aparece el nombre de Schattenberg en relación con un pago de 2 rigsdaler por 'nogle synderlige Cantiones adskillige vocum´ ('algunos pecados en Canciones de varias voces') y esta es la última información disponible sobre él. En enero de 1628 se derrumbó la gran aguja de la Nikolaj Kirke durante una tormenta y destruyó en sus caída parte del moviliario y también se perdió el órgano. En un período los servicios religiosos se llevaron a cabo al aire libre, posiblemente sin la intervención del organista.

Como se indicó anteriormente, hay dos colecciones bien conocidas de la mano de Schattenbergs. Johannes Moller agrega además a Cimbria Literata una información incierta de un catálogo publicado con algunas “Cantiones Sacrae”, que habrían sido publicadas en Szczecin en 1623. El catálogo puede haber sido enviado por Zacarías Hartel el viejo que manejaba una Editorial en Hamburgo en los años 1634-77. El trabajo indicado puede ser  “Jubilus S. Bernhardi” en una segunda edición, ya que esta justo debajo del título “Cantiones Sacrae”, pero no se puede excluir que hay una obra hoy perdida de Schattenberg.