Contribuyó con Schütz a la renovación de la música sacra en Alemania, que la reforma alejó de la influencia italiana. Se le debe una modernización de la técnica de la notación musical.

A diferencia de otros músicos alemanes (por ejemplo, Heinrich Schütz), permaneció en Alemania durante la guerra de los Treinta Años, tratando de sobrevivir enseñando y realizando una serie de pequeños trabajos. Con la restauración de la paz, reasume su puesto de Kapellmeister.

Scheidt fue el primer compositor para órgano del Barroco alemán internacionalmente significativo, y representa el florecimiento del nuevo estilo alemán del norte, que ocurrió principalmente como resultado de la Reforma protestante. En el sur de Alemania y en algunos otros países de Europa, la influencia espiritual y artística de Roma permanecía intacta, con lo que la música continuaba derivando de los modelos italianos. Distanciados de Roma, los músicos de las nuevas áreas protestantes desarrollaron pronto nuevas ideas estilísticas que eran muy diferentes de la práctica de sus vecinos.

La música de Scheidt es de dos categorías principales: música instrumental, incluyendo una gran cantidad de música para teclado, principalmente para órgano; y música sacra vocal, parte de la cual es a cappella y algunos de las cuales usan un bajo continuo u otro acompañamiento instrumental. Su música para órgano fue famosa en su tiempo, hasta que fue eclipsada por las obras de J.S. Bach. En sus numerosos preludios corales, Scheidt usó a menudo una técnica de "variación acompasada" en la que cada frase de la coral usa un motivo rítmico diferente, y cada variación (consistente en varias frases) es más elaborada que la anterior, hasta alcanzar el climax de la composición. Además de sus preludios corales, escribió numerosas fugas, suites de danzas (que eran a menudo en una forma cíclica, compartiendo un bajo continuo común) y fantasías. También produjo una gran cantidad de música vocal, sacra y secular, mucha de la cual sobrevive.

Su hermano Gottfried Scheidt (1593-1661) era organista en Altenburg y compositor de música sacra.