La mayor parte de nuestro conocimiento sobre su carrera deriva de sus publicaciones. En 1603 se describió como 'musicus et scholae ad St. Johann Collega' en Danzig, y hacia 1607 tenía un puesto allí en la Marienschule. Al mismo tiempo, fue miembro del coro cívico de la Marienkirche, donde con frecuencia sustituyó al anciano Kapellmeister Johann Wanning. Postuló para el cargo de Kapellmeister cuando quedó vacante en 1603, pero él y candidatos tan notables como Philipp Dulichius y el viejo Kaspar Förster (que, como Schnitzkius, ya estaba trabajando en Danzig) fueron pasados por alto en 1607 y 1608 en favor de Andreas Hakenberger, de la capilla del rey Segismundo III de Polonia. Después de la muerte de Hakenberger en 1627, Schnitzkius una vez más postuló sin éxito; esta vez fue nombrado Förster.

Las obras de Schnitzius reflejan sus actividades en la iglesia y en la escuela. El "Musices praecepta" es un manual para principiantes que se ocupa de los rudimentos de la música en cinco secciones ('Clavis "," Vox "," Cantus', 'Mutatio', 'Figura') en latín y alemán. Las tres secciones de los módulos Sacri, que de acuerdo con el prefacio estaban destinadas a las escuelas e intérpretes domésticos de música, comprenden Himnos latinos de tres partes, y sus textos están relacionados simbólicamente con el número tres. "Tibi laus, tibi gloria" de "Sacrarum cantionum" existe completa en manuscrito; es una pieza de ocho partes para coro doble en que el tratamiento del texto es bastante convencional.