Después de cumplir su noviciado en Lucerna continuó sus estudios de filosofía en Friburgo y luego pasó cuatro años estudiando teología en Viena. Un viaje a Roma y Milán lo convenció de renunciar al catolicismo. Volvió a Suiza y en 1639 solicitó un puesto como pastor o profesor de la Iglesia Reformada en Zúrich. Después de tres meses de estudios para convertidos con el Pastor Theobald Dürrysen en Winterthur y con recomendaciones como filósofo, músico y escriba, fue nombrado chantre en el Grossmünster, Zurich, y maestro de canto en la escuela Alemana. En 1646 fue ascendido para convertirse en Kantor en el Grossmünster y en 1652 predicador en el hospital Siechenhaus Spannweid, pero fue despedido un par de semanas más tarde después de una discusión con el ayudante del barbero; disgustado, el  mismo año abandona Limmatstadt, junto con su mujer y su niño.

A continuación, pasó a Ulm, donde se convirtió en profesor en el Gymnasium y Kantor de la iglesia Luterana, y desde 1659 hasta que se retiró en 1681 fue director musical de los conciertos semanales. En 1648 publicó en Zürich 37 arreglos de cuatro partes de "Teutsche Gedichte" del teólogo y poeta Johann Wilhelm Simler en el estilo nota-contra-nota de Goudimel, aunque con la melodía en la parte superior en lugar de en el tenor, como antes. En la segunda edición (1653) incluyó 30 piezas adicionales, y en la tercera (1663) agregó nuevamente seis motetes con bajo continuo, a los que llamó 'fugas'; una cuarta edición apareció en 1688. Estas partes corales se hicieron bastante conocidas y apreciadas hasta en la región del Engadín. Seis de estas piezas aparecieron de forma anónima con distintos textos en los temas de año nuevo de la Zürich Burgerbibliothek para 1646-49 y 1658-59, y 11, asimismo de forma anónima, en "Geistliche Seelenmusik" de Christian Huber (Saint Gall, 1682 ). El texto de Simler parte del Salmo 27, 1-3, toca brevemente Romanos 8, 31-39 y cierra con la paráfrasis del Salmo 73, 25.26, todos textos clásicos demostrando la confianza.

Schwilge bien puede haber sido el compositor anónimo de ocho canciones para "Todtentanz" de Rudolf Meyer (Zúrich, 1650): al igual que las 'fugas', comienzan con pasajes imitativos y contienen torpezas similares a las encontradas en las piezas que son definitivamente suyas. También escribió piezas en honor de los alcaldes de Zürich, en 1653 y 1655.