Selle nació en Zörbig pero recibió su primera instrucción en Leipzig, donde probablemente fue alumno del Thomaskantor Sethus Calvisius y de Johann Hermann Schein en la Thomasschule y en la Universidad de Leipzig. Ocupó varios puestos de enseñanza antes de volverse Kantor en Heide (Holstein) en 1624 y en 1625 en el pueblo cercano de Wesselburen. Desde 1634 fue Kantor en Itzehoe y desde 1641 Director de Música del Johanneum de las cuatro iglesias principales de Hamburgo,  incluyendo St. Catherine, así como desde 1642 canónigo menor y director musical en la Catedral de Hamburgo (organista en la Hauptkirche). Disfrutó allí de mucha estimación hasta su muerte, cuando tenía 64 años.

En su testamento legó su biblioteca a la ciudad; se encuentran en manuscritos en la Biblioteca publica de Hamburgo: “Teutsche geistliche concerten”, “Madrigalien und Motetten, mit 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 14 und 16 Stimmen”.

Thomas Selle compuso alrededor de 300 motetes, algunos anticuados y polifónicos, algunos haciendo uso eficaz de técnicas poli corales, y algunos que tienden hacia el estilo del concertato. Su "Pasion según San Juan" de 1643 es el ejemplo más antiguo de una 'Pasión Oratorio'; es la primera Pasión que incluye interludios instrumentales.

También compuso un gran número de conciertos, madrigales, canciones sacras y seculares, incluyendo varias composiciones sobre poemas de Johann Rist, llevando varios libros los largos títulos floridos acostumbrados en esa época. Sus canciones seculares muestran la transición del estilo polifónico al monódico.