Renunció el 6 de marzo de 1595 para aceptar un nombramiento como organista de la capilla real en Lisboa, puesto que ocupó desde el 1 de abril de 1595  al 25 de febrero de 1604.

No se sabe en qué momento y por qué razón viajó a América, pero al parecer pasó el resto de su vida en Perú, donde hasta el 18 de abril de 1614 fue maestro de capilla de la catedral de Lima; a continuación, intercambió mensajes con Miguel de Bobadilla (muerto en 1626), el organista de la catedral. Martín de León, en la "Relación de las exequias" (Lima, 1612), alabó el "Officium defunctorum" de Serna, compuesto en memoria de la reina Margarita de España e interpretado en la catedral en la tarde del 3 de noviembre de 1612, en un servicio que duró cinco horas.

Las únicas obras sobrevivientes de Serna son dos tientos para órgano.