La vida del joven Tregian es muy poco conocida. Era hijo de una acaudalada familia de terratenientes naturales de Cornwall, que fueron conocidos por su devoto catolicismo en Inglaterra durante la Reforma. Su homónimo padre Francis Tregian Sr. (1548-1608), alojó en la vivienda de su finca al sacerdote católico Cuthbert Mayne. Por esto fue capturado por orden de Isabel I y sus bienes confiscados, incluyendo los importantes ingresos anuales de 3.000 libras esterlinas. Tregian padre pasó 28 años en la cárcel, siendo indultado por Jaime I y enviado al exilio a Lisboa, Portugal, donde murió.

Francis Tregian Jr. se educó probablemente en Francia y trabajó desde 1592 hasta 1594 en el Kämmererei del cardenal William Allen en Roma. Este emigrante fue el más influyente de los defensores de la política y religión para la re catolización de Inglaterra a fines del Siglo XVI. Tregian regresó a Inglaterra e hizo un reclamo para la devolución de las tierras confiscadas a su familia en Cornwall. En 1609 participa en un "rechazo a la Iglesia Anglicana" (considerado un delito de "recusación"); lo arrestaron, pasó diez años en la cárcel de Fleet, donde murió.

Los pocos documentos que existen acerca de Tregian muestran su gran interés en la música. Ellos contienen algunas de sus composiciones. Entre ellas se encuentran piezas para clavecín, para conjuntos orquestales y corales. Es un creador de antologías de música, por ejemplo, las llamadas “Fantasías de Thomas Lupo”, “Madrigales de Salamone Rossi y Claudio Monteverdi". Acerca de que compuso el “Fitzwilliam Virginal Book”, es ahora objeto de polémica. Durante mucho tiempo fue atribuida a él esta importante colección de música para clave de finales del Renacimiento y principios del Barroco Inglés. Característica de una antigua pero no histórica leyenda sobre su educación católica es la idea del pobre músico que se entretuvo durante su encarcelamiento en la prisión de Fleet copiando las composiciones de la época.