Enseñó teclado, matemáticas y geografía para el Margrave Georg Wilhelm de Bayreuth antes de trasladarse a Halberstadt, donde fue organista en la Stadtkirche San Martini y trabajó como abogado gubernamental. Los 81 libros, incluyendo 28 tratados sobre teoría de la música, que sobreviven de su biblioteca reflejan su amplia educación; su propio trabajo como teórico de la música también está en manuscrito. Se anunciaron varias otras obras teóricas y traducciones y nuevas ediciones de obras muy conocidas en un hermoso catálogo de Leipzig de 1673. Probablemente nunca fueron publicados, pues el hijo de Trost, también Johann Caspar, que fue organista en Halberstadt desde 1676 a 1696 estaba buscando todavía a un editor para ellos en 1677, cuando publicó su propio 'Ausführliche Beschreibung des neuen Orgelwercks auf der Augustus-Burg zu Weissenfels' en Nuremberg.

De sus composiciones, sólo sobrevive el motete "Herr Jesu Christ, ich schrey zu dir" (Goslar, 1642). El alumno más famoso de Trost fue Andreas Werckmeister.