Rapparini testifica sobre el origen bávaro de Wilderer y sus estudios con el famoso músico italiano ‘Negrentius', (Giovanni Legrenzi). Sin embargo no se ha encontrado ninguna evidencia que sugiera cuándo Wilderer puede haber estado en Venecia. Wilderer ya era vice-Kapellmeister en la corte de Düsseldorf en 1696, y en 1703 fue ascendido a Kapellmeister de la corte. Se casó con María Lambertina Dahmen el 11 de marzo de 1698 de marzo, con quien tuvo nueve hijos.

Las óperas de Wilderer fueron compuestas principalmente para la corte de Düsseldorf entre 1695 y 1713. En 1716 murió el Elector Johann Wilhelm y fue sucedido por su hermano Karl Philipp, que había mantenido una corte en Innsbruck. Seguidamente unió los establecimientos musicales de Innsbruck y Düsseldorf, primero en Heidelberg y en 1720 en Mannheim, donde emprendió la construcción de un nuevo palacio. Estos grupos combinados, bajo la dirección conjunta de Wilderer y Jakob Greber de Innsbruck, se volvieron después la base de la famosa orquesta de la ‘Escuela de Mannheim', apoyada generosamente por el Elector Carl Theodor. Wilderer permaneció activo en la doble condición de Kapellmeister y compositor hasta su muerte. Su última gran obra fue la ópera sacra "Esther", realizada como oratorio en Heidelberg en 1723 y como ópera en Mannheim, el 17 de marzo de 1724.

La importancia de Wilderer como compositor es en parte resultado de su fortuito empleo por los príncipe-electores de Düsseldorf-Mannheim. Las actividades musicales en estas cortes influyeron en la historia de la ópera alemana a fines del siglo XVII y las primeras obras escénicas de los desarrollos musicales precursoras de los compositores de Mannheim de comienzos del periodo Clásico. La corte de Düsseldorf congregó a numerosos músicos talentosos, y ellos atrajeron a muchos compositores distinguidos a su vez, como Steffani que produjo tres de sus óperas en Düsseldorf.

Fue una importante figura en las cortes de Düsseldorf, Heidelberg y Mannheim. Haendel visitó la corte en 1710, 1711 y 1719. Las óperas existentes de Wilderer muestran una predecible similitud con las óperas venecianas de finales del siglo XVII.

Entre el pequeño número  de obras sacras de Wilderer está la "Missa brevis en Sol menor", existente en una copia notable de manos de J. S. Bach. Wolff notó similitudes importantes entre el Kirie de la Misa en Si menor de Bach y la partitura de Wilderer.