Fue educado en el Gimnasium Jesuítico de St. Salvator, Augsburgo. En 1660 escribió la música para una obra realizada allí. El 23 de octubre del mismo año se matriculó en la Universidad de Ingolstadt, donde estudió teología. En 1663 se hizo músico de cámara y organista de la corte en Neuburg an der Donau, del Conde Palatino Philipp Wilhelm, que era famoso por su patrocinio y comprensión de las artes. El Kapellmeister de la corte era G.B. Mocchi, que había sido alumno de Carissimi y quién en 1675 renunció en favor de Agricola a una prebenda que el Papa Alejandro VII le había concedido en 1655. Se le solicitó a Agricola componer varias grandes obras para las bodas de la familia del conde.

Cuando el mayor hijo del conde, Johann Wilhelm, se casó con la Archiduquesa María Anna, hermana de Emperador Leopoldo I, en 1679, se interpretaron dos óperas y una pastoral de Agricola, y otra obra, "Freudens-Triumph" (con un ballet ecuestre), que probablemente era de él; toda la música se ha perdido. En ocasión de la boda de la Princesa María Sophia Elisabeth y el Rey Pedro II de Portugal, que fue celebrada pródigamente en 1687 en Heidelberg con una representación de la ópera de Sebastiano Moratelli "La gemma Ceraunia", Agricola recibió dos copas ornamentales y un presente de dinero ‘por sus muchas y variadas labores en la comedia y otras materias' (no se identifica ninguna música que pueda haber escrito para esta ocasión).

En el verano de 1689 Philipp Wilhelm le encargó poner música para la inminente boda por poder de su hija María Anna con el Rey Carlos II de España a tres cantatas sobre textos del poeta de la corte G.M. Rapparini. En una carta al príncipe-elector del 14 de julio de 1689, Philipp Wilhelm describe en detalle el plan y contenido de estos trabajos, que también se han perdido. Archivos relacionados con el funeral de Agricola establecen  que tenía 58 años cuando murió. Con la pérdida lamentable de toda su música escénica sus únicos trabajos supervivientes son tres motetes para voces e instrumentos, en la forma de las primeras cantatas sacras, que muestra la influencia de la escuela de Augsburgo de J.M. Gletle; en catálogos compilados en Ansbach y Freising aparece que otras obras sacras suyas se han perdido.