Es probable que en su juventud conociera a Melchor Robledo, que daba clases de música en la capilla de San Martín, en La Seo de Zaragoza.  Adquiere su formación musical en su ciudad natal y en 1585, a la edad de 24 años desempeña su primer puesto de organista de Catedral en la ciudad de Huesca, donde apoyaría la construcción del nuevo órgano. En 1603, ya como cura, es nombrado organista de la Seo de Zaragoza, en la cual va adquiriendo un cierto prestigio en su doble vertiente de compositor y organista, llegando a alcanzar celebridad incluso en el extranjero. Publicó en la referida ciudad, en 1618, una colección de 36 hermosos "Magnificats" ("Canticum Beatissimae Virginis Deiparae Mariae..."). En estas obras aparece Aguilera manejando con maestría la ciencia polimelódica, y siguiendo las tradiciones técnico-musicales peninsulares, cultiva la variación vocal con profundo sentimiento religioso y método severo. Básicamente son cuatro ciclos de ocho partituras, una para cada tono, mientras que los ciclos son para cinco, seis, ocho y cuatro voces respectivamente. Hay obras tratadas como canto llano y otras en la manera de la música tardía de Victoria. Con excepción de la carencia de continuo, tales creaciones revelan la dirección que estaba tomando la música policoral española.

Edicion discográfica con una obra de Sebastián Aguilera de Heredia

Aunque su carrera se desarrolla principalmente en el S. XVI su lenguaje es barroco, tanto por los rasgos estilisticos como por el empleo de recursos técnicos que durante el siglo XVII serían comunes en la composición para órgano, como los tientos de medio registro y los de falsas. Es considerado como el primer representante de la escuela aragonesa de órgano, su obra se compone principalmente de piezas para este instrumento.

Aguilera escribió exclusivamente para la iglesia, tanto música vocal como obras para órgano. Su creación instrumental siguió tanto la tradición de Cabezón y Santa María como las nuevas tendencias de Cabanilles y Correa de Arauxo. Sus tientos son de diverso tipo y en tres de ellos fue el primer compositor ibérico en emplear el término falsas para denotar composiciones en tiempo lento con un uso casi continuo de disonancia, progresiones armónicas inesperadas, relaciones falsas y otras técnicas.

Los trabajos de Aguilera han venido siendo interpretados hasta nuestros días en diversas catedrales españolas. Y la difusión de su obra demuestra como se ha apreciado su nombre en la Península Ibérica. En la "Biblioteca Central" de Barcelona se conserva un "Pange Lingua" para órgano, de Aguilera, pieza calificada como "la Reina de los "Pange Lingua" por el copista del manuscrito.

Existen algunas composiciones autógrafas de Aguilera, en la Catedral Primada de Bogotá. Además de estas obras, los archivos de dicho templo conservan intacta la edición de los treinta y seis "Magnificats" a que acabamos de aludir, verdadero tesoro artístico.