Se trasladó a Königsberg en 1626. En 1627 partió para Varsovia con algunos diplomáticos holandeses y fue tomado prisionero por los suecos durante un año. No fue un espectador totalmente inocente en la Guerra de Treinta Años, pues cuando volvió en 1628 estuvo involucrado en la ciencia de la fortificación. Desde diciembre de 1630 parece haber dejado su profesión original para hacerse músico a tiempo completo en Königsberg por el resto de su vida. Llegó a ser organista en la catedral y estudió con Johann Stobaeus. En 1634 renovó contacto con Schütz en Copenhague y permaneció en relación con él.

Edición discográfica con arias de Heinrich Albert

El logro principal de Albert está en sus ocho volúmenes de "Arien". Varias canciones fueron publicadas separadamente y reimpresas en posteriores antologías. Las 170 canciones, sacras y seculares, reflejan la vida política y artística de Königsberg: fueron escritas para varias ocasiones, como bodas, entierros, aniversarios y visitas de personas importantes, así como para el goce privado de amigos. Las dedicatorias que acompañan cada canción, con detalles específicos de su propósito y una fecha precisa, proporcionan un valioso registro de la vida en Königsberg. Las canciones muestran la influencia de la música boscareccia de Schein; unas pocas para voz sola y bajo continuo son arreglos de arias para dos o más voces que se publicaron originalmente en forma separada. Casi todas son cortas, estróficas y silábicas. Algunas son más elaboradas, con ritornellos y melismas para el colorido de la palabra, y hay algunos interesantes contrapuntos entre las canciones para varias voces. La obra más larga (Libro II, Nº 20) fue escrita en honor de la visita del poeta Martin Opitz a Königsberg en 1638: numerosos versos recitativos alternan con pasajes instrumentales, y acaba con un coro.

Los poemas, 18 de los cuales son del propio Albert, son bellos ejemplos del trabajo de la escuela de Königsberg; el poeta a quien más frecuentemente recurrió para su música fue Simon Dach, como él una figura importante en el grupo literario Kürbs-Hütte; otros poetas a cuyos trabajos puso música incluyen a Andreas Adersbach, Johann Peter Titz, Robert Roberthin y Christoph Kaldenbach. Albert también puso música a tres poemas de Opitz, cuyas reformas eran los principios que lo guiaban. Basó 25 canciones en melodías extranjeras que admiraba, principalmente de Francia, Italia y Polonia. Sus canciones fueron sumamente populares, y por lo menos 25 de sus melodías se convirtieron en corales. Un ejemplo es “Annchen von Tharau”, cuyo texto fue inicialmente atribuido a Simon Dach, pero que pertenece al propio Albert; es una canción nupcial pensada, y quizás encargada, para la boda de Annke, hija del pastor de Tharau en Prusia Oriental.

Johann Mattheson probablemente fue el primero en señalar los prólogos de los primeros dos volúmenes como importantes para el estudio de la práctica del bajo continuo en el periodo Barroco temprano. Albert declaraba que tocar el continuo no debía ser ‘como picar repollo'.