Hija del arquitecto Giovan Battista Aleotti, llamado l'Argenta. Compuso motetes y madrigales muy admirados, pero desgraciadamente irrepetibles. Su maestro fue Ercole Pasquín y se menciona que era “singularísima sobre todas y sin igual” tocando el órgano. Cautivada por su sonido, Margarita de Austria la invitó a España. Fue monja en el monasterio de Ferrara, donde fue directora del “concerto grande”, un gran conjunto de instrumentistas y cantantes que daban conciertos.  Según Bottrigari (un escritor de la época), se trataba de uno de los mejores conjuntos de Italia. Además de sus composiciones, Aleotti fue también organista del convento.

Hay alguna controversia acerca de si esta compositora y su hermana Vittoria Aleotti hayan sido la misma persona, o si esta última tomó el nombre Raffaella cuando se ordenó de monja. Todas las referencias a Raffaella son consistentes con lo que es conocido de Vittoria: las dos son descritas como compositoras de madrigales y motetes, organistas excepcionales y maestras en el convento, e intérpretes de música vocal e instrumental en las casas de ciudadanos adinerados de Ferrara.

Raffaella sacó un volumen de piezas vocales sacras en 1593: el "Sacrae cantiones quinque, septem, octo & decem vocibus decantande", la primera música sacra de una mujer que apareció impresa.
Probablemente murió poco después del 2 de agosto de 1640, pues su nombre aparece por última vez mencionado en esa fecha en un documento del convento de San Vito.