Vittoria poseía gran talento natural: siendo pequeña estaba presente mientras su hermana mayor Beatrice tomaba lecciones de música con Ercole Pasquini. Asombró a su padre y al maestro de música al ser capaz de tocar el clavicordio por sí misma. A la edad de seis o siete años la enviaron a San Vito para continuar su educación musical y durante dos años recibe lecciones de Alessandro Milleville.

A la edad de catorce años había decidido hacerse monja. y es enviada a estudiar al Convento Agustino de San Vito en Ferrara, renombrado por su nivel de enseñanza musical. Su primera composición publicada apareció en 1591, un solo madrigal en una antología de compositores de Ferrara publicada por Giacomo Vincenti en Venecia. Por entonces había hecho tanto progreso en el estudio de la música que su padre le pidió versos a Giovanni Battista Guarini, a los que la adolescente puso música en veintiún madrigales de cuatro partes, conocidos como la "Ghirlanda". Dichos madrigales, estilísticamente conservadores, pero juvenilmente exuberantes, fueron enviados por su padre al Conde de Zaffo, quien los publicó en la imprenta de Vincenti en Venecia en 1593. Después de esto ella desaparece como Vittoria.

En 1636 es nombrada Abadesa del Convento, cargo que ejerce hasta 1639. Es mencionada en la guía de Guarini para Ferrara como alguien muy versado en música, mención que alcanza sus publicaciones de motetes y madrigales.

Además de sus composiciones, Aleotti fue también organista del Convento, y dirigió un gran conjunto de instrumentistas y cantantes que daban conciertos. Según Bottrigari (un escritor de la época), se trataba de uno de los mejores conjuntos de Italia. Es casi seguro que su nombre de bautismo fuera Vittoria, y "Raffaella" el nombre que adoptó cuando tomó los hábitos.