En 1637 se le encuentra como Maestro de Capilla en la Catedral de Albarracín, para pasar en 1641 a ocupar el mismo puesto en la de Huesca hasta 1653. En este tiempo optó por oposición a Maestro en la Catedral de Zaragoza, sin conseguirlo. Desde 1655 a 1656 ejerció su labor en la Catedral de Cuenca, para obtener finalmente la plaza en Zaragoza por decisión del Cabildo Catedralicio, hasta su renuncia en 1687 debido a la vejez.

Fue un compositor variado, más cercano a la tradicional música polifónica que a las nuevas corrientes de la época. Entre sus piezas, destacan los romances y villancicos, sin faltar las obligadas misas y motetes.

En su honor se creó el año 2007 en su ciudad natal de Echo, Huesca, la “Capilla de Música Sebastián Alfonso”.