En 1681 estudiaba en la colegiata de Santa María de los Sagrados Corporales de Daroca, centro importante de formación musical, en donde hay indicios significativos de que siguió la carrera eclesiástica y se perfeccionó en la música. Allí entró como infante de sacristía y cantó como tiple hasta el año 1685, y quizás conociese a Pablo Bruna. A los diecinueve años fue nombrado maestro de capilla de la colegiata el 18 de septiembre de 1685, para pasar posteriormente por diversas iglesias: el 24 de agosto de 1686 se traslada a la Seu Vella de Lérida, en 1698 se encuentra en Jaca.

El 7 de mayo de ese mismo año está de maestro de capilla en la basílica del Pilar de Zaragoza, sucediendo a Jerónimo de la Torre: Ambiela fue elegido por oposición para ocupar el cargo y continuó en él hasta 1707, desconociéndose la razón de su marcha. Le sucedió Joaquín Martínez de la Roca. En 1707 pasó a ser maestro de capilla en el monasterio de las Descalzas Reales de Madrid, uno de los principales centros de actividad musical en la primera mitad del siglo XVIII, ocupando dicho cargo hasta 1710. El 4 de febrero de 1709, es elegido maestro de capilla de la catedral de Santiago de Compostela. Ambiela acepta, pero el nombramiento no se lleva a efecto, ya que no le dieron licencia para abandonar la capellanía que tenía en la Corte. El 22 de marzo de 1710 opta a la plaza de maestro de la catedral de Toledo, siendo elegido por votación y ocupando el cargo hasta su muerte.

Ambiela compuso obras de música religiosa, composiciones profanas, villancicos, música para voces y orquesta distinta de la de atril o facistol, de las que se conservan: en latín, dos antífonas, seis himnos, dos letanías, once misas, tres motetes, siete salmos, a dos, cuatro, ocho, doce voces, unas con acompañamiento de arpa, órgano y violín, otras sin él. Su obra musical fue muy celebrada y ejecutada en España, como lo demuestran las copias manuscritas de sus composiciones existentes en diferentes archivos españoles, aunque la recopilación de su obra llevada a cabo en ellos lleva a creer que ésta ha desaparecido en su mayor parte, pues las cuarenta obras catalogadas son poco más que el trabajo de dos años de un maestro de capilla.

En estas obras catalogadas, entre las que no hay ninguna profana, se puede hablar de un primer estilo, presente en las composiciones con una preponderancia de la línea compositiva purista, relacionadas con una característica involutiva y totalmente determinadas por el hecho religioso; son las que generalmente tienen cuatro voces y no llevan acompañamiento, como las misas, motetes y algún himno, relacionadas casi siempre con los momentos más importantes de la liturgia, y que representan el 57,5 % del total de obras catalogadas, lo que incide en la clasificación histórica de Ambiela como símbolo del conservadurismo musical, como defensor del tradicionalismo.

Un segundo estilo vendría dado por obras que pertenecen ya de alguna manera a la estética barroca, cuyo principal símbolo sería el continuo con arpa u órgano; a más de cuatro voces, normalmente a ocho, pueden unirse a momentos o géneros dispares; son obras que, desde un punto de vista general, asumen un estilo donde se combinan hechos barrocos con polifonía estricta, como el Miserere, el Salmo a siete voces y el motete Beatus iste Sanctus; suponen el 22,5 % del total de las obras catalogadas.

A un tercer estilo pertenecen obras de un barroco más claro, con violines que acompañan generalmente a ocho voces divididas en dos coros, y representado en la musicación de salmos, como Beatus Vir, y villancicos; constituyen el 20 % del total de las obras catalogadas. Ambiela fue también teórico, conociéndose la existencia de un folleto publicado en Toledo en mayo de 1717, titulado “Disceptación música y Discurso problemático en que se controvierte la entrada del segundo tiple en el Miserere Nobis de la Misa que D. Francisco Valls, Presbítero y Maestro de Capilla de la Sta. Iglesia Catedral de Barcelona compuso con el título de 'Scala Aretina'”, con motivo de tomar parte en la famosa polémica promovida por un atrevimiento artístico del maestro Valls, la cual duró desde 1715 hasta 1720, y ocasionó la división de los músicos españoles de la época en dos grupos, el de los defensores de la tradición, que no admitían ningún tipo de novedad, y el de los avanzados, que consideraban la música como un arte en continua evolución y no querían quedar anclados en lo anterior.

Ambiela escribió dicha “Disceptación...” motivado por el deseo de que se conciliasen la variedad de dictámenes existentes entre los diferentes maestros, por el de que se diese una mayor estabilidad y crédito a la música, y para contestar a varios maestros que le habían pedido parecer sobre el asunto. En su folleto se muestra de acuerdo con las opiniones mantenidas tanto por los que atacaban a Valls como por los que le defendían, aunque pone objeciones a los argumentos dados por todos ellos, y defiende a Valls basándose en que la entrada del segundo tiple en la misa Scala Aretina, aunque se ejecutaba fuera de la regla universal, no era «contra las reglas de arte de la música, sino excepción de ellas, como lo había sido las de algunos insignes maestros antiguos», basándose en «la casi imperceptibilidad que proporcionaba al oído» la disonancia cometida por Valls, y justificándolo también por la «autoridad de tan docto y experimentado maestro»; aunque aporta la idea de que «introducir dicha entrada no puede servir de regla» para que cualquier compositor pudiese ejecutarlo en situación semejante, aconsejando que «no la usasen aquellos que no tuviesen afianzada su categoría con otras obras insignes».