Su hermano más joven Paolo, autor del Teatro marmoreo della marina (Palermo, 1682), fue uno de los más grandes arquitectos italianos. Su hermana o prima Eleonora fue la madre de Alessandro Scarlatti; delegado por el sacerdote de la parroquia de San Antonio Abate, Palermo, Amato bautizó a sus hijas personalmente. Pasó toda su vida en Palermo. Entrando en el Seminario dei Chierici en la adolescencia, obtuvo un grado en teología y tomó las órdenes sacerdotales. Desde 1652 dirigió música en la iglesia de Santa María del Carmine y desde 1665 hasta su muerte fue maestro di cappella en la catedral. Fue comisionado por Santa María del Carmine para componer dos Pasiones (una según San Mateo, la otra según San Juan). Éstas no son Pasiones oratorio sino obras litúrgicas; los recitativos y coros falsobordone reemplazan el canto Gregoriano en las lecturas del Evangelio. Estas Pasiones fueron cantadas en capillas Sicilianas hasta mediados del siglo XX. Se informa (Bertini) que hubo también una representación en Mayenne, cerca de Rennes en Francia, no mucho antes de la Revolución.

Toda la música sobreviviente de Amato (salvo los últimos arreglos de las Pasiones) está  contenida en cuatro manuscritos y dos colecciones impresas del siglo XVII descubiertas en la Catedral de Malta, Mdina, en 1979. Parece que la música original de la Pasión según San Juan de Amato fue arreglada durante los siglos XVIII, XIX y XX no sólo por variantes de la misma, sino también por partituras de las Pasiones según San Mateo y San Marcos. En estos arreglos la voz del tenor (Cristo) es reemplazada por una voz grave y los coros falsobordone de cuatro partes son sustituidos por música de otros compositores.

El recitativo de Amato es aun más simple que el de Carissimi pero no menos concentrado y dramático y con unas inflexiones sutiles como embellecimiento breves en las palabras emotivas, cromatismos melódicos y armónicos y expresivas séptimas de dominante. . Las raíces de la escritura de recitativos de Alessandro Scarlatti, como por ejemplo en su Pasión según San Juan, probablemente pueden encontrarse en estas obras. En su música polifónica, con sus armonías intrépidas y modulaciones e imaginería vívida, Amato demuestra haber sido el heredero digno de Bonaventura Rubino, su predecesor como maestro di cappella de la catedral y la más grande autoridad musical de Palermo durante los primeros años de Amato.