Al parecer entró en contacto con miembros de la nobleza vienesa, y puede haber estado empleado en una corte. Pasó sus primeros años en Viena, donde puede haber sido alumno de Johannes Ebner (un miembro de la muy conocida familia de organistas e hijo de Wolfgang Ebner) a quien declaraba su modelo. Al parecer entró en contacto con miembros de la nobleza vienesa, y puede haber estado empleado en una corte.

En una carta de 1724 al Príncipe-obispo Lamberg, mientras se quejaba de la calidad de los violinistas en Passau, Aufschnaiter declaraba haber tenido en Viena, donde pasó muchos años, a ‘16–18 excelentes músicos' a su disposición.

Su Op.1 (del que ninguna copia existe) fue dedicado al Conde Ferdinand Ernst von Trautmannsdorf, que puede haber sido su patrón. En 1695 su Op.2 apareció en Nuremberg con una dedicatoria al Archiduque Joseph (más tarde el Emperador Joseph I). Bajo el título de "Concors discordia" este contiene seis colecciones orquestales que muestran la estructura del concerto grosso italiano, pero también una clara influencia francesa; ellas siguieron el ejemplo de Georg Muffat probablemente.

Todo lo que se sabe del Op.3 es que fue dedicado al Emperador Leopold I; no existe ninguna copia. El Op.4 consiste en ocho sonatas de iglesia publicadas bajo el título "Dulcis fidium harmonia symphoniis ecclesiasticis concinnata", que aparecieron en 1703 y estaban dedicadas a los cuatro primeros padres de la iglesia y a los cuatro evangelistas. Éstas son sonatas orquestales para dos violines solos (que tienen complicadas dobles claves), dos violines ad libitum, viola, violón y órgano; pueden haber sido inspiradas por las obras de Heinrich Biber.

Su principal cargo fue en Passau, Alemania, donde sucedió a Georg Muffat como Kapellmeister de la corte en 1705. Allí Aufschnaiter estuvo activo como compositor de música de iglesia (aunque no fue nombrado oficialmente Kapellmeister catedralicio como Muffat había sido). Sus Op. 5 y 8 comprenden vísperas para cuatro voces, cuerdas y continuo (1709, 1728), su Op.6 son cinco misas (1712) y su Op.7 son ofertorios con dos violas solas (1719).

En todas sus obras de iglesia Aufschnaiter favorece un estilo más tradicional similar al estilo de la cantata romana; hay menos pasajes de violín exigentes y dobles claves que en sus obras más tempranas, y prefiere agradar con encanto melódico. En sus escritos teóricos hace énfasis en la diferencia entre la música de iglesia, de  cámara y de teatro.