Había estudiado, según algunos, en Padua con un tal Castrovillari pero, no teniéndose noticias de un Castrovillari en Padua, lo más probable es que haya estudiado órgano y violín en Venecia con el Padre Daniel Castrovillari, a la sazón operista.También es muy dudoso que haya sido alumno de Carissimi en Roma como suele mencionarse, pero es probable que estudiara en Ferrara bajo Giovanni Legrenzi.. Fue organista en la Accademia della Morte en Ferrara desde 1667, pero probablemente había salido hacia 1675.

Publicó su primera música en 1677; la página de título lo llama maestro de música de la Confraternità della Morte en Finale Emilia, no lejos de Modena. En 1677 comienza en la Accademia Filarmónica de Bolonia una brillante carrera, y pronto se convierte en director de esta institución (1682-3), obteniendo en 1683 la nominación de “príncipe”. En 1680 fue maestro di cappella en la corte del Duque Alessandro II della Mirandola, a quien dedicó algunas de sus obras. A principios de 1684, muerto Tosi, le sucedió como Maestro de Capilla en la Accademia della Morte en Ferrara, dominando la vida musical de esta ciudad y en 1688 fue designado Maestro de Capilla de la catedral de Ferrara. Por sus contribuciones a la vida musical de Ferrara, fue llamado a menudo "Bassani de Ferrara.". Escribió 76 servicios litúrgicamente ordenados para el uso en la Catedral de Ferrara entre 1710 y 1712. En 1712 se trasladó a Bérgamo, donde fue nombrado Maestro de Capilla de la basílica de Santa Maria Maggiore, y también enseñó en la Congregazione di Carità en la misma ciudad hasta su muerte.

Bassani fue un compositor muy fecundo y muy reconocido, tanto en la música instrumental como vocal, sea ésta profana o religiosa. Después de Corelli, a quien probablemente igualara como violinista y maestro, compartió con Torelli el liderazgo de la "Escuela de Bolonia" de compositores. La escasa música sacra que se conserva es imponente, aunque tradicional, mientras que sus cantatas forman la primera gran aportación a este género en el norte de Italia. Aún de mayor importancia son sus sonatas trío, cuya influencia fue notable, sobre todo por su fluidez melódica. El Padre Martini cuenta que era un excelente violinista.

Giovanni Battista Bassani fue un violinista famoso en su tiempo, y su fama fue exaltada por las alabanzas de Burney hacia él. Sus sonatas trío son sus piezas más conocidos y más a menudo tocadas actualmente. Escribió 13 oratorios, pero sólo cuatro sobreviven, y todas sus 13 óperas se han perdido, aparte de unas arias de “Gli amori alla moda”.

Aproximadamente entre 1736 y 1740 Johann Sebastian Bach llamó a un escriba anónimo (quizás su hijo Gottfried Heinrich) para copiar los volúmenes enteros del “Acroama missale” de Bassani (Augsburg, 1709) que consistía en seis misas, cada una con Kirie, Gloria, Credo, y Sanctus. Después, en 1747-1748, el propio J. S. Bach compuso el ex novo de entonación (Credo en unum Deum) para la quinta de éstas. Esta breve composición (16 compases en total) en Fa Mayor para cuatro voces, instrumentos, y continuo (BWV 1081) sigue el estilo de la colección e introduce la misma entonación del plainchant que J.S.Bach usó en el Symbolum Nicenum de su Misa en Si menor (BWV 232).