Luego puede haber pasado algún tiempo en Roma, estudiando medicina y aprendiendo a tocar el laúd. En 1597 se matriculó en la Universidad de Heidelberg, y también se dedicó a enseñar laúd en la corte del landgrave en Hesse; por este tiempo se estableció como maestro de laúd en Colonia. Un manuscrito compilado en Colonia por un alumno anónimo parece confirmar su actividad en este campo: contiene 33 piezas de Besard (fechadas entre el 12 de octubre de 1600 y el 16 de marzo de 1601), 31 de las cuales fueron después revisadas y reimpresas en su "Thesaurus harmonicus".

En 1602 volvió a Besançon para casarse con Péronne Jacquot, y luego regresó  a Colonia, donde publicó su "Thesaurus harmonicus", una colección de música para laúd, de su propio  bolsillo. La edición en 1604 del "Mercurii gallobelgici", una colección de documentos históricos y uno de una serie de tratados europeos y documentos legales coleccionados de finales del  siglo XVI publicada por Grevenbruch, su publicador, requirió las habilidades de un abogado, y Besard se puede haber hecho cargo para pagar por la publicación del "Thesaurus". En 1605 se llevaron a cabo arreglos legales en Besançon para asegurar la porción marital de su esposa a causa de que él puede haber sido un poco derrochador. En 1613 heredó las cartas de nobleza de su padre.

Edición discográfiva con obras de Jean-Baptiste Besard

Entre 1604 y 1617 Besard llegó a Augsburgo, posiblemente para vivir con él o usar la influencia de su amigo Philip Hainhofer, un destacado diplomático. Aparentemente continuó sus profesiones de leyes y medicina, también enseñando  laúd. Aquí publicó en 1617 "Novus partus" (una segunda colección de música para laúd) y había impreso el "Isagoge in artem testitudinariam", una traducción alemana de la segunda edición de su manual de laúd. El mismo año publicó el "Antrum philosophicum", un gran diccionario, ordenado alfabéticamente, de enfermedades y sus curacaiones (no, como algunos han supuesto, de alquimia) dedicado a los duques de Pomerania.

En Leipzig, el 22 de octubre, Hainhofer le escribió cartas de recomendación para las cortes de Sajonia, Pomerania y Brandenburgo, y cenó con Besard. Si Besard realmente visitó luego estas ciudades o recibió empleo en alguna de las cortes no se sabe, tal como se desconocen el lugar y fecha de su muerte, cuando tenía 50 años o poco más de edad.

El "Thesaurus harmonicus" es una gran colección enciclopédica de 403 composiciones en tablatura francesa, organizadas en diez libros según la categoría: un manual sobre interpretación del laúd, "De modo", también es parte del "Thesaurus". La mayor parte de los ejemplares incluyen la mayoría de las formas instrumentales de la época: preludios, fantasías, música de salmos, tabulaciones de chanson y de madrigales, y una alta proporción de danzas (por ejemplo. passamezzos, galliardas, allemandes, courantes y branles). La música es para laúd sólo, o laúd y voz (tres piezas son para conjunto de laúdes), y representa a 21 compositores diferentes,  siendo los más importantes Lorenzini (con quien Besard declaraba haber estudiado), John Dowland, Vincenzo Galilei, Alfonso Ferrabosco (i) y Valentin Bakfark. Aproximadamente 10% de las obras son directamente atribuidas al propio Besard, aunque su importancia es más como antologista que como compositor.

El "Novus partus", aunque una colección no tan extensa como el "Thesaurus", es de interés en varios aspectos. Es uno de los últimos libros en haber sido impresos desde bloques de madera en Alemania; y sus 59 composiciones (también en tablatura francesa) están divididas en tres secciones,  teniendo la primera 12 piezas para tres laúdes concertados diferentemente afinados y otros dos instrumentos o voces, la segunda que contiene 12 piezas para dos laúdes concertados, y la tercera que consiste en 35 composiciones para laúd sólo. Aparte de las 35 obras de Besard en toda la colección, se incluyen otros 11 compositores, entre ellos Michelagnolo Galilei, La Barre, La Grotte, Pietro Paolo Melli y Mesangeau. Besard también añadió al "Novus partus" un apéndice con una segunda edición de su manual de laúd, titulado Ad artem testudinis. Las similitudes y diferencias entre los volúmenes del "Thesaurus"  y los del "Novus partus" revelan las diferencias de los gustos musicales en 1603 y 1617. Hay música atractiva en ambos volúmenes, aunque los textos son a menudo frustrantemente adulterados.