Nada se sabe sobre sus primeros años. En el prólogo de su "Sacrarum modulationum" (1596) dice que era de orígenes humildes. No sabemos los nombres de sus profesores de música, ni hay noticias de él hasta 1596, cuando aparece como organista de la catedral de Siena y desde no más tarde que el 20 de junio de 1597 maestro di cappella; ambos cargos le fueron conferidos por G. Tommasi, rector de la Opera del duomo, como el propio Bianciardi declara en la dedicatoria de su "Primo libro de madrigali à cinque voci..." (Venecia, por Angelo Gardano, 1597).

Compositor y organista de igual valor (tanto como para dejar en duda, según Ugurgieri, en cual actividad se destacó más), publicó varias obras de estilo eclesiástico, bastante estimadas, y valiosos madrigales para varias voces. Fue uno de los primeros autores en utilizar el bajo continuo, y por Banchieri, que lo califica de 'soavissimo' en su "Conclusioni nel suono dell'organo" (1609), es citado, junto con A. Agazzari y L. Viadana, entre los mejores compositores de la época. En su manuscrito "Notitia de contrapuntisti e de compositori di musica", Pitoni lo llama un "grandissimo suonatore di organo". Ambros recuerda sobre todo su motete "Ave Rex noster"  (insertado en la segunda parte de la colección de M. E. Bodenschantz, "Florilegium Portense...", impresa en Leipzig por A. Lamberg en 1621), como una obra espléndida, de gran pureza, conmovedora en la expresión del noble dolor y que contiene bellísimas armonías.

Edición discográfica de la "Missa Octum Vocum" de Francesco Bianciardi

Hacia 1601 y probablemente hasta su muerte fue responsable de los asuntos musicales en la Accademia degli Intronati bajo el nombre de Accordato. Según Isidoro Ugurgieni Azzolini (“Pompe sanesi”, Pistoia, 1649), Bianciardi tenía 35 años cuando murió. Bianciardi murió en Siena antes del 21 de septiembre de 1607, de acuerdo con la dedicatoria de D. Falcini al obispo de Massa A. Petrucci de una de sus obras, "Breve regola per imparar' a sonare sopra il basso con ogni sorte d'istrumento", publicada póstumamente por el mismo Falcini en Siena en 1607. Era principalmente compositor de música de iglesia en el estilo de Palestrina, cuyo alumno  puede haber sido.

Además de las ya mencionadas, hay que recordar, de Bianciardi, las siguientes obras, todas publicadas en Venecia por Angelo Gardano: "Sacrarum modulationum,quae vulgo motecta,& quatuor,quinis,senis,sep: & octonis vocibus concinuntur. Liber primus", 1596; "Sacrarum modulationum... Liber secundus nunc primum in lucem editus", 1601; "Sacrarum modulationum... Liber tertius", 1607; "Vespertina omnium solemnitatum psalmodia quatuor vocibus,iuxta ritum sacrosanctae Romanae ecclesiae", 1604; "Missarum quattuor,& octo vocibus liber primus", 1605; "Canzonette spirituali a tre voci. Libro primo novamente stampato", 1606; "Sacrarum modulationum,quae vulgo motecta binis,ternis & quaternis vocibus concinuntur... Liber quartus", 1608: de estos motetes para dos a cuatro voces con órgano parece haberse conservado sólo el cuarto libro; Baini menciona la fecha de 1599 para los tres primeros libros, hasta ahora imposibles de encontrar. Baini también menciona tres libros de motetes sin órgano (pero que no especifica el número de voces), impresos en Venecia en 1600 por Gardano.

Como prueba de la reputación del compositor, se conservan de Bianciardi numerosos motetes y madrigales en las más conocidas y mejores colecciones publicadas en ese tiempo (desde 1598 hasta 1621), italianas y extranjeras. La "Canzonette spirituali" es de un estilo más ligero, sin embargo, y otra colección posterior, la cuarta colección de "Sacrarum modulationum" (1608), está en la tradición del concertato inaugurada por Viadana. Su hoja póstuma "Breve regola" es una fuente útil para la práctica temprana del contrapunto.