Descrito como abad en el frontispicio de algunas de sus obras, se desconoce, sin embargo, cuándo y dónde tomó las órdenes eclesiásticas y de qué maestros recibió la formación musical. Casi con toda seguridad, sin embargo, se puede considerar que estudió en Bolonia, quizás en el ámbito de la Academia Filarmónica, que abarcaba entonces el mundo centro septentrional de Italia y del extranjero. Hacia fines de 1711 fue a Roma, probablemente recomendado a Arcangelo Corelli por el maestro de capilla de San Petronio en Bolonia, Giacomo Antonio Perti (que también era uno de los miembros más influyentes de la Academia Filarmónica), como sugiere la carta respuesta enviada por Corelli -21 de octubre de 1711- a un anónimo "Onoratissimo Signor e Colendissimo protettore".

Edición discográfica de "Divertimenti per camera" de Pietro Giuseppe Gaetano Boni

La influencia de Corelli fue significativa en las obras instrumentales de Boni, que vivió muchos años en Roma -al menos hasta 1720- y publicó tres colecciones de sonatas, la primera de las cuales consta de doce “Sonate per camera a violoncello e cembalo, Op 1”, Roma 1717 (sin indicación de editor). Tal vez fue después de esta publicación que Boni fue aceptado por la Academia Filarmónica de Bolonia. Mientras tanto, también se dedicó a la música vocal, en 1719 se ejecutó en Perugia una "Cantata per la notte di Natale", que puede ser la misma pieza que la "Cantata per il SS natale di Nostro Signore Giesu Christo", para dos voces e instrumentos, en manuscrito en Manchester. El 8 de enero 1720 fue representada en el Teatro della Pace en Roma la ópera “Tito Manlio”, con libreto de M. Noris, (libreto puesto antes en música por  C. F. Pollarolo).

La segunda colección de doce sonatas, titulada “Divertimenti per camera a violino, violone, cimbalo, flauto e mandola, Op 2”, editada por Antonio Cleton, apareció en Roma, sin año, pero Luigi Torchi la considera de 1720, señalando en estas sonatas "una extraña mezcla de estilos y formas con  preponderancia de la técnica, incluso en los tiempos de danza que había mantenido siempre relativamente sencillos hasta ahora." La presencia de esta música en la biblioteca de la Casa d’Este (parte de la colección se encuentra en la Biblioteca Nacional de Viena) pone de manifiesto el favor que gozaba la producción instrumental de Boni.

Se desconoce si Boni regresó a Bolonia en 1726, donde fue ejecutado en el mismo año su oratorio “Santa Rosalía” en la iglesia della Madonna di Galliera. Su tercera colección de música instrumental, diez “Sonate a violone o cembalo, Op 3”, fue impresa en Roma en 1741 por Fasoli y después de esta fecha no tenemos ninguna otra información sobre sus actividades o su vida.

Boni dejó también un volumen manuscrito de composiciones instrumentales, sin título, que figura en el catálogo de Gaspari como “Sonate per cembalo”; para Newman se trata, en cambio, de sonatas para violín y bajo continuo, y aunque el bajo figurado no sería prueba convincente en sí, sin embargo, las ricas representaciones en la parte superior, inclusive muchas indicaciones especialmente adecuadas para el violín, no dejan ninguna duda.

A veces se ha pensado que fue el compositor de la ópera "Il figlio delle selve", realizada en Modena en 1700, pero según Schmidt esto es el resultado de una confusión de su nombre con el de Cosimo Bani.