Llamado erróneamente Giovanni Battista, fue el hijo de mayor talento de Giovanni María Bononcini y Anna Maria Prezii. Recibió sus primeras lecciones musicales de su padre, violinista y compositor, pero éste murió cuando el niño tenía ocho años. Completó su educación musical en Bolonia, en la Accademia Philarmonica, con Giovanni Paolo Colonna y con Giorgio Buoni; en el contrapunto fue también alumno de Colonna, hasta los 15 años.  

Comenzó su carrera como compositor instrumental publicando en 1685 en Bolonia, los "Trattenimenti da camera a trè: due violini e violone con il basso continuo per il cembalo. Opera prima", dedicados al duque Francesco II de Módena, "Concertida camera a trè: due violini e violone... Opera seconda" y las más amplias "Sinfonie a 5.6.7. e 8. stromenti,con alcune à una e due trombe,servendo ancora per violini... Opera terza", dedicado este último trabajo a Colonna, a quien Bononcini llama 'patrono della sua esistenza', tal vez debido a que el maestro también lo había socorrido en su condición de huérfano indigente.

Giovanni Bononcini

En 1686 como reconocimiento oficial de sus habilidades musicales, Bononcini fue admitido en la Academia Filarmónica de Bolonia por voluntad de Colonna, entonces presidente de la Academia. Cantante y chelista desde enero de 1687 hasta mayo de 1688 en la capilla de San Petronio en Bolonia, también fue en 1687 maestro di cappella de la iglesia boloñesa de San Giovanni in Monte, por interseción de Francisco II y del abad O. M. Bonfioli. En los últimos años del siglo, sin olvidar la música instrumental, comenzó a componer los primeros oratorios, "La vittoria de Davide contra Golia", sobre la poesía de P. P. Seta, y "Giosuè", con libreto de T. Stanzani, realizados en 1687 y en 1688 en la iglesia de la Madonna di Galliera de los padres filipinos. En 1688 era maestro di cappella de San Giovanni in Monte y ya había publicado más de setenta sonatas para tres instrumentos, así como sinfonías orquestales, y era un respetable compositor de misas y oratorios. Después de una breve estancia en Módena en 1688 para tocar en una orquesta adventicia, con motivo del funeral de la duquesa madre Laura, Bononcini fue a Roma, desde 1689 hasta 1696, como violonchelista en la orquesta del cardenal B. Pamphili.
De su correspondencia con una persona desconocida de la corte de Módena, resulta, sin embargo, que desde el 14 de diciembre de 1689 al 22 de febrero de 1690 se encontraba en Milán, desde donde escribía estar listo para servir al duque Francesco II, por no menos de diez 'dobles' mensuales, y que había recibido el libreto (de L. Forni) y compuesto el oratorio "La Maddalena ai piedi di Cristo", encargado por el propio duque. En una memoria existente en el Archivo secreto de Módena se lee que el 21 de marzo de 1690 le fueron pagados 'veinte dobles' por haber compuesto el citado oratorio, y 'por haber venido desde Milán para hacerlo cantar en Módena´. El 6 de abril de 1690 estaba de regreso en Bolonia, como prueba la solicitud de ayuda financiera de él escrita a Francesco II desde esa ciudad. Esto nos lleva a pensar que el cardenal Pamphili le concedía, aunque estaba muy ocupado en su servicio, una gran libertad de movimiento. Entre 1692 y 1696 su colaboración  con Silvio Stampiglia, famoso libretista de esa época, dio como resultado la composición de al menos seis serenatas, un oratorio y cinco óperas.

Giovanni Bononcini

Como compositor de ópera, Bononcini hizo su debut el 12 de enero de 1692 en Roma, en el Teatro Tordinona, con una nueva versión de la ópera de Antonio Draghi, "Eraclea" ovvero "Il ratto delle Sabine" (libreto de N. Minato, adaptado del de S. Stampiglia), y en el mismo teatro siguió haciendo representar óperas con éxito hasta 1695. Nombrado luego por el emperador Leopoldo I de Habsburgo compositor de la corte, con un sueldo de cinco mil florines al año, llegó a Viena a fines de 1697. Después de una breve estancia en Venecia en febrero de 1698, de nuevo interrumpió en 1702 la intensa actividad en Viena (desde 1699 se habían producido numerosas óperas en el teatro de Nueva Favorita) para viajar a Berlín, llamado a la corte prusiana por la reina Sophie Charlotte, firme defensora de la música y de los artistas italianos. Aquí Bononcini compuso la ópera "Polifemo", sobre libreto de A. Ariosti, representada en el castillo de Lietzenburg en 1702, con la participación de la reina en el címbalo y de eminentes personalidades sobre el escenario. Para el éxito de esta ópera -muy significativa para los inicios históricos de la ópera berlinesa y aún más para el estilo de Bononcini- habían traído con él desde Viena a su hermano Antonio María y a algunos cantantes de la corte vienesa.

De regreso en Viena a principios de 1703, Bononcini permaneció en servicio en la corte hasta la muerte del emperador José I (1711), pero se quedó dos años en Viena, a la espera de recibir el pago de lo que se le debía. A su regreso a Italia, se detuvo de nuevo en Roma, y en el carnaval 1714-1715 fue representada en el Teatro Capranica "Astarto", una ópera que compuso con libreto de A. Zeno y P. Pariati, que tuvo gran éxito.

Fundada en Londres por Georg Frederick Händel en 1718-1719, bajo los auspicios del rey Jorge I, la Real Academia de Música para representar óperas italianas con artistas italianos en el Teatro Haymarket, Bononcini fue llamado a ser parte de ella como director musical, junto con Händel y Atilio Ariosti. La invitación se debió a los buenos oficios de G. Riva, diplomático de la corte de los Este en Londres, y tal vez incluso a la indicación de Lord Burlington, que, previamente enviado a Italia para reclutar artistas para la Academia, había escuchado en Roma el "Astarto". Aceptada la asignación, después de una breve estancia en Nápoles a principios de enero de 1720, Bononcini fue a Londres en el verano siguiente; el 19 de noviembre del mismo año presentó en el Haymarket "Astarto" (con el libreto retocado por P. Rolli, poeta y libretista de la Academia), que despertó un gran entusiasmo en el público de Londres (por mérito también del cantante castrato F. Bernardi, llamaddo Senesino) y se repitió treinta veces. Con la representación de esta ópera se inició de parte del público la contraposición de Bononcini a Händel y el nacimiento de la rivalidad entre los dos músicos.

Pronto las simpatías y la toma de partido artístico por los dos maestros adquirieron un aspecto político: Händel, además que por sus admiradores (llamados 'haendelianos'), era apoyado por la familia real, mientras que Bononcini, que tenía no menos numerosos admiradores (los llamados 'bononcinistas', entre los que se encontraba también Senesino), estaba protegido por el duque de Marlborough. Para sofocar el antagonismo se estableció hacer colaborar a los directores de la Academia en la ópera "Muzio Scevola", con libreto de Rolli, cuyo segundo acto fue puesto en música por Bononcini y el tercero por Händel (el primero, atribuido por Hawkins y Burney a Atilio Ariosti, parece haber sido puesto en música por F. Amadei). La ópera, representada el 15 de abril de 1721, tuvo como resultado un endurecimiento de la competencia y las discusiones, desatadas sobre la diferente forma vocalística de Bononcini y de Händel, de modo que los cantantes también se vieron involucrados. En los años siguientes la suerte de Bononcini, sin embargo, persistió con sus seis óperas compuestas en Londres y presentadas en el Haymarket, entre las cuales obtuvieron especial consenso "Crispo" (libreto de Rolli: 10 de enero de 1722), "Griselda" (texto de A. Zeno, rediseñado por N. Haym: 22 de febrero de 1722) y "Calphurnia" (texto de Haym: 30 de marzo de 1724).

Caricatura de Giovanni Bononcini por Pier Leone Ghezzi

"Crispo" fue, sin embargo, representada por primera vez en el Teatro Capranica de Roma el 28 de enero de 1721; de esta representación no buena, por culpa de los cantantes, da amplia publicidad la esposa de Bononcini, Margherita Balletti, en una carta dirigida desde Roma a Riva. No se sabe la fecha del matrimonio con la Balletti (cuñada del actor L. Riccoboni, entonces director del Teatro italiano en París), pero es probable que tuviera lugar después del regreso de Bononcini a Italia desde Viena. Bononcini escribió el segundo acto del pasticcio “Muzio Scevola” (un pot-pourrí operístico representado en Londres en 1721, con los otros actos escritos por Stanislao Mattei y Georg Friedrich Haendel). Fuera del teatro, Bononcini encontró aprobación con otras obras ("Cantate e duetti", dedicado a George I y publicado en Londres en 1721, y el "Funeral Anthem for John Duke of Marlorough", Londres, 1722) y con la música interpretada en dos conciertos semanales en casa de la hija del duque de Marlborough, a cuyo servicio había sido contratado con quinientas libras anuales de pensión, en compensación de una injusticia sufrida en el Teatro Haymarket.

En 1723 se proyectó enviar a la Académie Royale de Musique de París la compañía de ópera italiana de Londres, confiando la dirección a Bononcini. Al momento de la llegada a París de los artistas italianos de Londres, la compañía del teatro italiano de París estaba, a su vez, invitada, a petición de la princesa de Gales, a Londres, a manera de intercambio cultural: hipótesis plausible, puesto que el director del Teatro italiano de París era el cuñado de Bononcini, Riccoboni. El proyecto, sin embargo, no se realizó, por razones desconocidas. Desde 1726 fue miembro activo de la Academy of Ancient Music de Londres.

El 6 de mayo de 1727 la temporada del Haymarket se cerró con "Astianacte" (texto de A. Salvi, readaptado por Haym), que fue la última ópera de Bononcini representada en Londres: la disputa con Händel, alimentada por panfletos satíricos y de invectiva en prosa y verso, llegó a un punto crítico por el escándalo provocado por las intérpretes principales, Faustina Bordoni y Francesca Cuzzoni (respectivamente 'handeliana' y "bononcinista"), que pelearon en el escenario, en presencia de la princesa de Gales. Después de este incidente, el favor de Bononcini fue disminuyendo considerablemente (también la ópera italiana, después de todo, estaba en crisis debido a la subida de la ópera bufa y la influencia de la parodia satírica de J. Gay, "The Beggar's Opera", 1728) hasta que él mismo cayó en descrédito en 1731 por haber presentado como suyo un madrigal a cinco voces, "In una siepe ombrosa", extraido del libro de "Duetti, terzetti e madrigali a più voci" (Venecia, 1705) de Antonio Lotti. Por orden de la reina Carolina el 24 de junio de 1732 se ejecutó, al final de la temporada de la renovada Academia, una divertida pastoral de Bononcini, "Fassini": esta es la última noticia suya en Londres.

Edición discográfica de la ópera "Polifemo" de Giovanni Bononcini

Dejando Londres a principios de 1733 con un tal Conde Ughi (un aventurero que lo estafó después con todos sus bienes), Bononcini fue a París, donde el 7 de febrero y el 2 de abril de 1733 interpretó en el Concert Spirituel en las Tullerías su música religiosa (incluyendo un Miserere de excelente factura), y luego hacia el fines de 1735 en Lisboa, Portugal; aquí se cree que impartió clases de violonchelo al rey. En 1736 volvió de nuevo a Viena, donde en 1737 se presentaron dos de sus obras, compuestas tal vez en Londres: la ópera "Alessandro in Sidone" (libreto de A. Zeno y P. Pariati) el 6 de febrero en el Hofburgtheater y el oratorio "Ezechia" (libreto de Zeno) el 4 de abril en la corte. En los años siguientes se tiene noticia de un "Te Deum" compuesto por Bononcini por encargo del futuro emperador Francisco I, el 15 de febrero de 1741, como está escrito en la partitura que se conserva en la Nationalbibliothek de Viena; la composición fue ejecutada después para celebrar la Paz de Aquisgrán (1748), pero no fue escrito para la ocasión, como algunos indican incorrectamente. Una petición de Bononcini dirigida a María Teresa de Austria con el fin de obtener una subvención, dada su gran pobreza, se le concedió el 8 de octubre de 1742 en consideración a sus pasados servicios en la corte: se le concedió una pensión de cincuenta florines mensuales, a partir del 1 de octubre de 1742. Permaneciendo solo, completamente olvidado y reducido a la miseria, murió en Viena diez días antes de cumplir 77 años.

Chelista "virtuoso", de arte y técnica igualmente prodigiosos según juicios de sus contemporáneos, como compositor Bononcini debe su fama a la música escénica y vocal de cámara, a pesar de que había dedicado a la composición instrumental bastantes obras, no insignificantes. De particular interés histórico era su evaluación del cello, que trató, de hecho, como instrumento 'obbligato', es decir, desvinculándolo de la humilde función de acompañamiento para hacerlo participar como voz solista en las arias, en los dúos, en las cantatas y en las sinfonías. Aspectos de su instrumentalismo en las obras de teatro son la organización casi sinfónica entre las voces y los instrumentos, y el énfasis en ciertos instrumentos de viento. Marcado por la dulzura y la gracia fácil, la melodía de Bononcini también explica el éxito que obtuvieron sus obras entre el público en general de varios países donde llevó a cabo sus actividades.

Sus composiciones circulaban por todas partes siendo, probablemente, “Camilla” (1696), la que se interpretaba con más frecuencia. Su fluido estilo melódico, con una sólida base armónica de gran expresividad, así como su tendencia al estilo galante, fueron muy aplaudidos y ejercieron una influencia notable en el estilo de la época. Giovanni Bononcini se interesó sobre todo por la ópera. Dio a conocer en Europa el estilo napolitano, del que, junto con Vinci y Leo, y después de Scarlatti, es el mayor representante a pesar de su origen boloñés. El término "Simplicidad Barroca" fue usado para describir sus obras.