Después de sus estudios humanísticos en el Seminario de Trento, continuó los de física y metafísica, entre el otoño de 1688 y el verano de 1691, en la Universidad de Innsbruck. Se trasladó a Roma, y el 3 de octubre de 1691 fue admitido en el Collegio Germanico como estudiante de teología; junto con esta disciplina, Bonporti también se dedicó a la música, teniendo como maestro, entre otros, a Ottavio Pitoni y, tal vez, en el violín, a Arcangelo Corelli y su alumno Matteo Fornari. Las personas de su clase no consideraban la música como una carrera, por lo que esta ocupación fue una vocación suya. Se destacó en las humanidades, filosofía y teología. Después de completar sus estudios teológicos, el 19 de diciembre de 1693 fue elevado en la basílica de San Juan de Letrán al subdiaconato y el 16 de septiembre de 1694 al diaconato; en septiembre de 1695 volvió a Trento, pero nunca intentó ganar una posición musical.  

Al año siguiente se publicó en Venecia su primera obra, una colección de diez sonatas a tres (dos violines y cello obbligato), dedicadas al príncipe obispo de Trento, Giovanni Michele conde de Spaur. Consagrado sacerdote, el 25 de octubre de 1697 obtuvo el beneficio del altar de la SS. Annunziata en la catedral de Trento y el 18 de septiembre de 1699 el beneficio del altar de SS. Pedro y Pablo en la misma catedral. Mientras tanto, las composiciones musicales de Bonporti comienzan a sucederse: las obras publicadas parten desde Trento destinadas a personalidades de la iglesia y del imperio que pudieran hacerlo subir de rango, las que el autor intercambia con el envío de regalos. La fama del músico se extiende por Europa, pero él mismo se firma 'gentilhuomo di Trento e nobile dilettante di musica', tratando infructuosamente de pasar de beneficiado a canónigo ordinario de la catedral. Italia del norte estaba dominada por Austria y los sacerdotes de habla alemana tenían la preferencia, bloqueando a los italianos en su progreso, sin importar su talento o su alcurnia natal.

Edición discográfica de obras de Francesco Antonio Bonporti

Para mejorar su situación, incluso recurre a convencer a políticos, dando, por ejemplo, a su Op. 8 (ya perdida: consistía en cien "Minuetti per violino e basso") el título de "Il trionfo della Grande Alleanza", y un ejemplar de su Op. 10 (1712) el título de "La Pace", destinado a solicitar el favor del elector de Maguncia, Lothar Schoenbom, con el fin de conseguir el puesto de capellán real del emperador Carlos VI de Austria, incluso ofreciendo servir el primer año sin paga. A los intentos ante el elector de Maguncia, en 1714 y en 1715, otro similar siguió en 1716 ante el rey Jorge I de Inglaterra. En 1727 Carlos VI, a quien Bonporti había dedicado dos libros de música, lo nombró su 'familiare aulico': la presencia de dicho título en las portadas de las últimas obras del compositor indujo a Fétis y otros compiladores de diccionarios a sostener erróneamente que Bonporti trabajó como músico en la corte de Viena. En cambio se mantuvo durante cuarenta años en su humilde puesto en la catedral de Trento, del cual todavía en 1738 trató de conseguir la canonjía. En 1740 obtuvo, por el contrario, la jubilación. Se retiró entonces a Padua, con el fin de alejarse de la camarilla de alemanes. Allí, sin una posición oficial, vivió en el apartamento de un sacerdote compañero hasta su muerte, desde donde el 20 de enero de 1746 envió la última -e inútil- publicación de diez obras a Maria Teresa de Austria para lograr la codiciada canonjía en la catedral de Trento. Esta carta es el último documento de Bonporti, que murió como un hombre amargado cerca de tres años después.

La obra musical de Bonporti se compone de doce opus, publicados entre 1696 y 1736. A pesar de ser un compositor instrumental excelente, especialmente notable por sus bellas y fluidas melodías, fue pasado por alto en su propio tiempo. Su producción es casi exclusivamente de música instrumental, eliminados los "Motetti a canto solo, con violini per ogni solennità... Opera terza", Venecia, 1702. En la correspondencia conservada también apunta a una misa y otras piezas vocales, de las que sin embargo no queda rastro. Las "Sonate a tre" del Op. 1 adoptan el estilo corelliano de las sonatas da chiesa: escritas para dos violines y violonchelo, con bajo de órgano, son por lo general en cuatro movimientos, unidos por afinidad temática. Las "Sonate a tre" de los Op. 2,4 y 6 son en cambio sonatas de cámara, con el bajo de clavecín: en ellas Bonporti, liberándose de reminiscencias escolásticas, desarrolla con libertad y abandono 'cantabile' la línea melódica, principalmente confiada al primer violín, donde los otros instrumentos crean un soporte suave. Los "Motetti" del Op. 3 se conectan al tipo de la cantata, como figura en las páginas de la escuela romana y napolitana: hay una tendencia a enfatizar el significado de las palabras no sólo con los movimientos específicos de las notas, sino también con la determinación de una atmósfera armónica apropiada. A partir de 1707 Bonporti abandona la sonata trío y se dedica a la composición de sonatas para violín y bajo. Las sonatas de Op. 7, divididas en tres tiempos, son tratadas todavía con una cierta timidez, pero sin detrimento de la expresión. Con los Op. 8 y 9, ahora perdidos, continúa la producción de piezas para violín y bajo continuo.

Por último, en 1712, las "Invenzioni" del Op. 10 marcan la afirmación plena y madura de la personalidad del músico; cuatro de estas invenciones - y precisamente los números 2, 5, 6 y 7 -copiados por Johann Sebastian Bach para estudio, fueron erróneamente incluidas por A. Dörffel en el volumen XLV (primera parte) de las "Joh. Seb. Bachs Werke", Leipzig sin fecha (1897?), como obras de Bach. En 1911, el musicólogo Werner Wolffheim demostró que estos cuatro trabajos realmente eran de F. A. Bonporti, y que J. S. Bach los había trascrito para clavicordio. F.A. Bonporti influyó en J. S. Bach en el desarrollo de la invención, y el último puede haberse apropiado incluso de los títulos de Bonporti (si no su preciso significado) para sus propias obras para teclado, así como el movimiento 'Ecco' de la décima Invención de Bonporti puede estar detrás del movimiento similarmente titulado en la “Obertura al estilo francés en Si menor”, BWV 831.

Los músicos buscaron con curiosidad la música de este compositor desconocido,  curiosamente bastante bueno como para ser confundido con el maestro. Ellos encontraron a un compositor de habilidades altas, gran originalidad e incluso atreviéndose, con una escritura de partituras muy perfecta, donde todas las voces son generosamente muy melódicas en su propio derecho. Su debilidad es que escribió en estilos diferentes para agradar a un manojo diverso de dedicatarios bien relacionados, por lo que no desarrolló su propio sonido individual.