Se desconoce el lugar de su nacimiento y sus estudios musicales. Compuso airs para varios ballets de cour: "Ballet des forgerons" (1617), "Ballet de M. de Nemours" (1618) y "Ballet de la folie" (1618). Dedicó sus "Airs" (1621) a la Duquesa de Nemours, cuyo marido ayudó a desarrollar el ballet de cour; quizás Boyer estaba empleado con la familia de Nemours.

Edición discográfica de "Chansons à boire et à dancer" de Jean Boyer

Puede haber sido el Boyer que fue a Saboya en 1628 con otros tres músicos parisienses para servir allí a la corte; es menos probable que haya sido el Boyer que fue director de música en la iglesia colegiada de St Agricol en Avignon desde 1626 a 1629. El último Boyer, aparentemente católico, escribió un motete antifonal de la Pasión en ocho partes, "Ecce homo", y otro motete, "Cruz fidelis"; y Jean, aparentemente protestante, publicó un salmo y dos oraciones, así como sus muchos airs seculares.

El 29 de enero de 1636 Jean Boyer sucedió a Gabriel Caignet como intérprete de viola en la cámara real, una posición que mantuvo hasta su muerte. Algún tiempo después de asumir el puesto llegó a ser secretario de la cámara y ordinaire de music del rey y la reina. Su colección de instrumentos en el momento de su muerte incluía laúdes, tiorbas y guitarras, así como violas. 

Los primeros airs de Boyer son rítmicamente mucho más interesantes que las posteriores obscenas canciones para beber y las canciones de baile. Los airs solos son acompañados por una parte simple de laúd; las canciones para beber son para dos voces (tiple y bajo), y las canciones de baile son todas monofónicas. Todas las canciones son eutróficas y silábicas.