En julio de 1674 se hizo organista en la Catedral de Notre Dame, Rouen, después de ganar una competencia en interpretación y composición; permaneció allí hasta su muerte. Entre 1686 y 1689 vigiló allí la construcción por Robert Clicquot de un órgano magnífico para reemplazar el instrumento anterior, destruido por una tormenta en 1683. Una carta de 1689 refleja su entusiasmo por el nuevo instrumento, con más de 40 tubos, cuatro teclados y enganches de teclado a pedal.

Edición discográfica de obras de Jacques Boyvin

También sirvió en Saint Herbland desde 1697 a 1702. Boyvin también era maestro de órgano: François  d'Agincourt fue uno de sus alumnos y lo sucedió como organista de la Catedral de Rouen.

Boyvin publicó dos colecciones de obras para órgano, en 1689 y en 1700, ambos ofrecen piezas que abarcan todos los modos de la iglesia. Cada uno de los libros de Boyvin contiene ocho colecciones colocadas según los modos de la iglesia. Hay menos piezas individuales en el libro 2 que en el libro 1 (51 contra 69), pero tienden a ser más largas y más detalladas.

La música de ambos libros es predominantemente seglar y colorida, y  explota los registros del nuevo  instrumento de Clicquot a través de formas tales como el preludio o plein jeu, fuga, dúo, trío, solo ornamentado y diálogo. El Címbalo del eco del órgano hacía posible un Pleins-jeux à trois choeurs y Boyvin introdujo otras innovaciones en 'Dessus de tierce en vitesse et accords', ‘Concerts de flûte’ y ‘Dialogues de récits’. . El prólogo del libro 1 incluye una discusión detallada sobre los registros, y el "Traité abrégé de l'accompagnement" del segundo libro contiene material interesante sobre la realización de bajos figurados; se ha traducido a varios otros idiomas. Las piezas son de naturaleza litúrgica y exhiben un estilo brillante que hace uso de formas y descubrimientos de Nicolas Lebègue y Guillaume-Gabriel Nivers.