Su padre era alcalde de Dobřany, Bohemia Occidental. Desde aproximadamente 1717 a 1720 Brentner vivió en Praga, donde publicó algunas de sus obras. El Op 1 de Brentner es una colección de 12 arias sacras para voz, cuerdas y continuo,  "Harmonica duodecatometria ecclesiastica seu" (1717), bastante popular como para exigir una segunda impresión en los años 1720. Además, Brentner publicó una colección de seis ofertorios para coro, cuerdas y continuo titulada "Offertoria solenniora" (1717) como su Op 2 y una colección de seis sonatas de iglesia, "Horae pomeridianae seu Concertus cammerales" (1720) como su Op 4. Si Brentner publicó un "Op 3" nunca se ha mencionado.

Edición discográfica de obras de Johann Joseph Ignaz Brentner

Parece haber estado conectado con la hermandad religiosa de St Nicholas en el Malá Strana, Praga, para la cual escribió sus motetes alemanes de duelo. Su "Offertoria solenniora" la dedicó a su patrón Raymund Wilfert, abad del monasterio Premonstratense de Teplá.

La música de Brentner está escrita en el estilo del concierto Barroco tardío, con motivos ocasionales del tipo canción simple. Muchas de sus arias están en la forma da capo, y los de "Hymnodia divina" son notables por su tratamiento concertante de los instrumentos solos acompañantes, especialmente el violín. Las obras de Brentner continuaron siendo interpretadas en el monasterio de Strahov, Praga, hasta los años 1840.

Aunque se sabe que una gran cantidad de las obras de Brentner están perdidas, un esparcimiento de copias manuscritas sobreviven a lo largo de la república Checa y un gran  número de ellas se conservan en el Archivo de Música del Bendiktinerstift en Göttweig, Austria. Además otras se encuentran, en versiones modificadas, en Bolivia; nadie sabe cómo la música de Brentner se las arregló para viajar a Sud América.