En 1641, en la publicación de su primera obra, se declara organista y maestro di cappella de la basílica de San Andrea en Mantua; poco después, en 1647 a 1648, es maestro de la música de cámara del duque de Sabbioneta e Bozzolo (como se califica en los frontispicios de sus opus III a VIII). A fines de 1648 fue nombrado maestro di cappella de la Accademia della Morte en Ferrara, donde permaneció hasta 1652, para asumir luego, el 25 de abril de 1653, una posición similar en Santa Maria Maggiore en Bérgamo; allí trabajó junto con Giovanni Legrenzi y permaneció hasta el 25 de abril de 1657, para regresar a Ferrara sólo por unos pocos meses, ya que el 31 de agosto de 1657 fue nombrado maestro di cappella de San Petronio en Bolonia.

Edición discográfica de sonatas de Maurizio Cazzati

Durante este último cargo, el más largo de su carrera (habiendo durado catorce años), llevó a cabo una intensa actividad creativa, dando a la imprenta numerosas composiciones (desde el Op. XIX  al Op. LVIII) e incidiendo profundamente en la estructura y la actividad de la capilla petroniana; poco después de su elección consiguió, el 12 de diciembre de 1657), reclamar para sí la elección del vice maestro y descartar simultáneamente a todos los miembros de la capilla (con excepción de dos organistas); siete días después hizo establecer no tomar más a préstamo a los músicos de palacio (por el mal hábito que tenían de abandonar antes de tiempo las funciones en la basílica). El 6 de septiembre de 1658 logró la reorganización definitiva de la capilla, cuyo personal se fijó en cuatro sopranos, seis contraltos, seis tenores, seis bajos, dos violines, dos violas alto, dos violas tenor, dos trombones, un violoncello, un gran contrabajo violón, una tiorba y dos organistas.

Especialmente significativo del impulso brindado por C. a la actividad de la capilla es el inmediato aumento excepcional de la preparación musical para la fiesta anual patronal de San Petronio (4 de octubre): antes de su llegada, la participación de los músicos extranjeros o extraordinarios variaba en número de diez a veinte con un costo regular inferior a cincuenta libras; ya en 1657, después de unos meses del nombramiento, dichos artistas adventicios sumaban veinticuatro con un gasto de 109 liras y  continuaron ayumentando hasta sesenta y siete músicos en 1660. A partir de 1661 y hasta el final de su mandato el gasto se mantuvo aproximadamente dentro de los límites alcanzados en 1658.
Aquí dio a la música instrumental un mayor valor en la música sacra, cosa que no era habitual antes de su llegada. Dio a la Sonata da chiesa la forma lento-rápido-rápido-lento. De esta época vienen trabajos impresionantes para el ejecutante de trompeta y de cuerdas.

Maurizio Cazzati en su juventud

De lo anterior se desprende el evidente propósito implementado por C. para tener un organismo musical calificado y disciplinado, capaz de dar lustre al ritual de la basílica que era, recordemos, la iglesia representante de la comunidad de Bolonia y, en consecuencia, de la oligarquía senatorial noble que la dominaba. Todas las innovaciones, sin embargo, además del hecho de que C. era un desconocido, tuvieron que cambiar los hábitos y la estrecha mentalidad del ambiente musical ciudadano; el resentimiento encontró desahogo en la agria polémica suscitada por Giulio Cesare Arresti sobre todo y por Lorenzo Perti contra C., que tomaron el ejemplo de algunas incorrecciones de contrapunto en el primer Kyrie de la "Missa I Toni" (Op. XVII) para lanzar un ataque no siempre mantenido dentro de la conveniente corrección verbal. C. no tuvo dificultad para refutar las acusaciones del oponente, retorciendo -con un montón de ejemplos de composiciones de Arresti- los errores e incorrecciones de su oponente. Esta controversia no comprometió la posición de C. en San Petronio; fue en cambio Arresti el destituido del cargo de organista en diciembre de 1661.

Esta relación con los otros músicos se vio muy enturbiada por las diferencias de opinión, y su “extraño camino” no fue aceptado en la Academia Filarmónica creada en 1666. Con los reproches del organista Giulio Cesare Arresti sobre los “errores musicales” de Cazzati en el Kirie de la Missa primi Toni del Op. 17, esto se transformó en una guerra abierta. Esta pelea llegó tan lejos que otros músicos y los editores de música de Cazzati se alejaron. En vista de ello Cassati se compró en 1666 su propia prensa de impresión, pero luego que la pendencia no cesara, dio por terminado su trabajo en San Petronio y se fue a la corte del duque Gonzaga en Mantua como Maestro di Cappella de la Duquesa Isabella hasta su muerte. Probablemente, como Cazzati más tarde declaró, ellos estaban solamente celosos de su posición.

A pesar de toda la iniquidad se le puede considerar el fundador de la escuela Boloñesa, ya que jugó un rol principal en la vida musical de la segunda mitad del siglo XVII. Su extensa creación incluye en total 66 opus. Sus trabajos instrumentales tienen un gran valor en el desarrollo de la música para violín y son  la parte más importante e influyente de su obra. Su alumno más destacado fue Giovanni Battista Vitali. Solicitada y obtenida una licencia el 27 de junio de 1671 de la sacristía de la basílica  boloñesa, C. volvió a Mantua para asumir la dirección de la música de capilla y dfe cámara de la duquesa Anna Isabella; en este puesto terminó su existencia a fines de septiembre de 1678). La lista de obras de C. plantea problemas particularmente difíciles, ya que el autor procedió a numerarlas progresivamente y por otra parte a tratar de que la lista se publicara tres veces. No podemos decir que la figura de C. haya encontrado hasta ahora mucha atención entre los estudiosos de la historia musical del Barroco. La principal dificultad para lograr una visión de conjunto suficiente de su obra radica, sin duda, por un lado, en la cantidad realmente inusual y, en segundo lugar, en la amplia variedad de géneros y formas.

Por cuanto se conoce hoy en día, hay que admitir que las censuras de Arresti no eran del todo infundadas y que, en general la escritura de C. no brilla por su rectitud, pareciendo sus composiciones escritas casi a toda prisa y con aproximación, sin un riguroso sentido del estilo y sin demasiada preocupación por la calidad. Habrá que reflexionar, sin embargo, cómo su formación tuvo lugar en un entorno (como el de Mantua y los Gonzaga) afectado por graves calamidades (la guerra de sucesión de Monferrato de 1628 a 1631, el saqueo de Mantua en 1630, la peste) y en un estado de decadencia cultural y musical irrefrenable tras la partida de Monteverdi de Mantua a Venecia. Faltó en particular a C. ese estímulo (que tanta parte ha tenido en el maravilloso florecimiento artístico y cultural de Italia durante el Renacimiento y el Barroco) que hubiera podido venirle de un príncipe iluminado o de un ambiente de corte exigente por gusto y por cultura. Además de su actividad principal se volcó hacia el campo sacro, es decir, en contacto con ambientes para los que la música era principalmente acto devocional, justo cuando la opinión popular se concentraba en el nuevo género emergente: el melodrama.

La exhumación de algunas composiciones instrumentales (como la "Sonata detta la Brembata a 8" del Op. XV o la "Bianchina per tromba e archi" del Op. XXXV) ha permitido cerciorarse respecto de su orientación hacia la conquista de una estructura melódico-armónica decididamente tonal, abandonando la ambigüedad entre modalidad y tonalidad propia del estilo concertato de la primera mitad del siglo. Es significativo, en este sentido, ya que el compilador anónimo del "Catalogo delli Sig.ri Mastri di capella dell'Ill.ma Accademia della Morte di Ferrara" (escrito después de 1681) incluyendo el nombre de C. lo califica 'il primo che introdusse in Ferrara il bel modo di medulare' [sic].