Existen dudas sobre el año de su nacimiento, el que algunos establecen en 1540. Que nació en 1551 se desprende de las palabras ‘Scipio Cerretus Musicus Partenopeus Anno Aetatis Suae L’, que rodean el retrato en la parte posterior de la portada de su obra “Della Prattica Vocal et Instrumental” de 1601 y la inscripción que aparece, siempre alrededor de su retrato en su otro libro “Dell'Arbore Musicale”, de 1608, donde se lee ‘Año Aetatis Suae LVII’. El mismo Cerreto en su “Diálogo harmónico” de 1631 declara que escribió esta obra a la edad de ochenta años. Cerreto aprendió los rudimentos de la música de F. Sorrentino, a quien recuerda en su obra "Della Prattica Musica Vocale, et Strumentale" de 1601 cuando afirma que '.. .no deseo como ingrato no honrar a mi maestro Don Francesco Surrentino [sic], ya que desde la infancia, en los años tiernos de mi vida he pasado bajo él... '; así como por el reconocimiento hacia este músico Cerreto debía  tener para él una consideración importante para haber puesto su nombre en la parte superior de la lista 'de los compositores destacados de la ciudad de Nápoles actualmente vivos'. Sorrentino, como autor del epígrafe que se encuentra en la tercera hoja de la misma obra, dirigiéndose a su pupilo, subraya claramente el surgimiento un poco tardío de la musa de C:, dando a entender que era algo flojo en su infancia y juventud.

No hay ninguna otra información fiable sobre la vida de Cerreto, pero podemos suponer una relación, tal vez de servicio como laudista, con el famoso compositor Carlo Gesualdo, príncipe de Venosa al cual, en la obra citada, dirige algunas frases en tono deliberadamente cortesano y adulatorio. También C, además de dar las reglas habituales de la composición, concede sin embargo un poco de libertad en pro de la expresión (por lo que más tarde fue desafiado abiertamente), que daría lugar a acercar más la teoría a la convulsiva interioridad barroca del madrigal de Gesualdo, de la que ya parece justificar lo extraño de los intervalos, el exceso de disonancia y el abuso del cromatismo.

Pasó su vida en Nápoles. Según Nicolò Tagliaferro ("L'esercitio") era cabeza de una cofradía de música napolitana, la Congregazione della Madonna degli Angeli, alrededor de 1600. Puesto que muy pocas de sus composiciones han sobrevivido, sólo es conocido hoy como  teórico. Como tal no fue un innovador, pero sus escritos son importantes porque arrojan luz sobre muchos aspectos de la práctica musical a comienzos del siglo XVII. Siguió una línea conservadora, presentando las reglas del estricto contrapunto 'osservato' y enfatizando dos aspectos que serían importantes en tratados posteriores de contrapunto: la improvisación del contrapunto coral y la invención de tipos ingeniosos de canon y contrapunto invertible.

Frontispicio de "Della Prattica Musica, vocale e strumentale" de Scipione Cerreto

Cerreto subscribió a la tradicional aproximación religiosa y filosófica a la teoría, pero también extendió el alcance de esta teoría incorporando varias nuevas prácticas en su armazón. Para él, la música instrumental era tan válida como la vocal. En "Dell’arbore musicale" (Nápoles, 1608) presentó la música práctica como un árbol que crece fuera de las raíces de la teoría, con las ramas en un lado representando voces y en el otro lado instrumentos. Este alcance más amplio también es evidente en "Della prattica musica vocale et strumentale" (Nápoles, 1601, 2/1611): en sus capítulos finales describe varias tablaturas instrumentales y da información sobre la forma de la interpretación. Su conservatismo se muestra igualmente en su rechazo al nuevo sistema de 12 modos propuesto por Glarean y en su reafirmación de la validez del sistema de ocho modos de los siglos anteriores. 

En sus discusiones de música práctica en "Dell'arbore musicale" sus opiniones coinciden con las de muchos de sus contemporáneos y refuerzan la impresión de que estaban teniendo lugar muchos cambios en la música. La voz grave, en lugar de la de tenor, se coloca primero porque es fundamental a la textura. El órgano toma ahora un primer lugar entre los instrumentos porque una obra completa puede tocarse en él, mientras que en los períodos anteriores los instrumentos de viento de madera eran más admirados, porque se parecían más a la voz humana.

Además de "Della pratica musicale" Cerreto dejó dos tratados manuscritos con enseñanza del contrapunto: "Dialoghi armonici pel contrapunto e per la compositione" (1626) y "Dialogo armonico ove si tratta…di tutte le regole del contrappunto et anco della compositione de più voci, de’ canoni, delle proportioni, et d’altri" (1631). El último proporciona una luminosa ilustración del uso de las técnicas de la parodia para enseñar al estudiante a construir sus primeras composiciones polifónicas. Es interesante que el madrigal usado, "Fammi pur guerra amor", está tomado del primer libro de madrigales de cuatro partes de Arcadelt, porque los únicos madrigales de cuatro partes que tenemos de Cerreto fueron incluidos en una reimpresión en Nápoles de esa colección (1608). Esta reimpresión sobrevive incompleta, así como las otras publicaciones existentes de Cerreto, "Il primo libro di canzonelle a tre voci" (Nápoles, 1606) y "L'Amarillide a tre voci con alcuni a due soprani, Il terzo libro, Ópera 18" (Nápoles, 1621). Obras ahora perdidas mencionadas por el compositor en sus escritos teóricos o en varios catálogos incluyen por lo menos cuatro libros de madrigales espirituales  para cuatro voces y tres libros de madrigales para cinco voces, todos impresos antes de 1601; un libro de ricercares para dos voces (1604); un volumen de madrigales para dos voces ‘sopra madrigali d'Arcadelt' (antes de 1616); un libro de "Canon enigmatici" para dos voces (antes de 1631) y un volumen de "Responsori di Natale" para cuatro voces (antes de 1676).