Su educación secundaria fue proporcionada evidentemente por los Jesuitas pues el más joven de sus dos hermanos, Hypolit, fue prefecto de música en la orden. Desde 1700 a 1702 estudió filosofía en la Universidad de Praga, donde conoció a Tomáš Baltazar Janovka,  prominente teórico musical y lexicógrafo, y organista de la Iglesia de Týn, el lugar oficial de culto de la universidad. Ésta probablemente es la base de la leyenda de que Cernohorský trabajó con el coro de la iglesia de Týn, no como 'regens chori' en hábito franciscano, sino como estudiante de Praga y ya un hábil organista. Una figura activa allí en ese tiempo era el compositor Bernard Artophaeus (1651–1721), una gran autoridad artística y monacal. Esto puede explicar en parte por qué Cernohorský dejó la universidad inmediatamente al obtener su licenciatura en 1702 y se unió a los franciscanos. Fue admitido en la Orden en 1704 y se ordenó sacerdote en 1708. Sus "Vesperae minus solennes", que muestran la influencia de Artophaeus, fueron escritas  en Most, Bohemia del norte, donde Artophaeus sirvió como guardián franciscano en 1704.

La determinación de Cernohorský de seguir el camino de los grandes maestros, algo rara vez hecho por los artistas de Bohemia es evidente, por una decisión de sus superiores en 1710 de expulsarlo durante diez años y despojarlo de todos sus títulos por haber ido a Italia, sin permiso, en busca de educación. Había, sin embargo, recibido una invitación del general de la Orden en Roma que restituyó sus títulos y lo nombró organista principal en la basílica de San Francesco en Asis (1710–15). Cernohorský dejó en Asis el manuscrito de un "Regina coeli" (1712) firmado  'Padre Boemo di Praga, primo organista'. Esta obra se ha comparado con la obra coral de más efecto de Haendel (Frasson), y Cernohorský fue de hecho uno de los pocos compositores checos que llegaron a conocer la música de Haendel, lo que logró a través de  su maestro di cappella F. A. Urio. Cuando sus estipendios de estudiante se terminaron se fue de Asis - donde Giuseppe Tartini había sido en secreto su alumno-, a Padua, donde fue nombrado tercer organista en San Antonio, conocida como Il Santo (1715–20). Durante el Carnaval de 1717 visitó Venecia, donde Felice Novelli y Antonia Laurenti estaban cantando en las óperas de Vivaldi; diez años después tuvo que oficiar en su boda en Praga. Otro "Regina Coeli", para solo de soprano, una obra ardiente de carácter mundano, debe algo quizás a la experiencia veneciana. En Padua Cernohorský se hizo un nombre no sólo como organista y trombonista sino también como poeta.

Edición discográfica con obras de Bohuslav Cernohorsky

Al final de sus diez años de sentencia, Cernohorský regresó a Praga con una resolución escrita de que podría volver a Il Santo en cualquier momento. El centenario de la Batalla de la Montaña Blanca (1620) estaba siendo celebrado en ese momento y se conmemoró al parecer con "Litaniae Lauretanae de Beatae Virginis Maria Victoriosa" de Cernohorský. De la dedicatoria a Nuestra Señora de la Victoria, a quien los católicos atribuyeron su victoria en la Montaña Blanca, se puede inferir que Cernohorský deseaba recordar a Praga que era compositor. El dominio perfecto de la alta polifonía Barroca y su forma más distintiva, la fuga, atestigua su genio compositivo. Dos años después se le otorgó un grado de maestro de teología por 'logros excelentes en música', y así fue apreciado como compositor, organista y teórico.

La carrera de Cernohorský se interrumpió de repente en la plenitud de su creatividad. Sin duda un crítico incómodo de sus superiores, fue condenado al ostracismo oficialmente durante tres años (1727–30). Lo enviaron a Horaždovice para ser ‘atormentado ayunando' y despojado de sus títulos como bachiller y maestro por, ‘entre otras cosas ', negar al convento su herencia familiar. Su acercamiento a su profesión a lo largo de su vida, y particularmente su preferencia por la inseguridad sobre los constreñimientos de la subordinación, sugieren que el proceso histórico de la emancipación del artista ya estaba en marcha en Bohemia. Su residencia en el  tranquilo convento de Horaždovice, donde su carácter exigente y talento artístico le ganaron admiración y respeto, parece haber sido el periodo más apaciblemente  creativo de su vida. Fue allí que escribió una de las obras más importantes de la polifonía Checa, el ofertorio "Laudetur Jesus Christus", inspirado por una nueva salutación introducida a la iglesia el 16 de enero de 1739. El trabajo apareció impreso el mismo año, sin ninguna duda con apoyo financiero de sus amigos. Musicólogos alemanes (especialmente Kretzschmar) han alabado la obra como ‘única entre todas las fugas más antiguas' y alabaron al compositor como el ‘Bach Checo'. El motete "Precatus est Moyses" data del mismo año. Es una composición sobre el texto del ofertorio completo para el 12º domingo después de Pentecostés, mientras el motete "Quare Domine irrasceris" corresponde sólo a la sección central de éste. Ambos trabajos tienen la misma instrumentación y los dos incluyen la fuga 'Memento Abraham' inalterada; la fuga, un ejemplo excelente del dominio del contrapunto de Cernohorský, es la cumbre de ambas composiciones. Su última obra vocal existente con instrumentos es la fuga "Quem lapidaverunt", una escena muy descriptiva de la sección central del ofertorio para el día de San Esteban que, a causa de su madurez artística, puede fecharse en el periodo de Horaždovice. El ofertorio fue completado por F.X. Brixi que agregó las secciones de apertura y cierre usando la misma instrumentación.

El periodo de Horaždovice muestra a Cernohorský como un compositor diestro cuya erudición e intelecto transcendieron las circunstancias de la época. Su mérito es que, con la certeza de un gran talento, tomó de la multiplicidad de estilos que encontró en Italia aquello que sería viable y fecundo en el ambiente Checo, y que también correspondía a sus propias inclinaciones. Gracias a esto, pudo crear auténticamente música Checa que tiene validez europea y sonido específicamente checo. Las obras que compuso en Horaždovice sobreviven porque escaparon tanto de la atención de sus superiores en Praga como de un terrible incendio en la iglesia de St Jakub (1754) en que la mayor parte de sus trabajos parecen haberse destruido.

Cuando Cernohorský volvió a Praga en 1730 el general de la Orden lo rehabilitó completamente y un año después le permitió viajar a Padua, como había pedido. Allí asumió de nuevo el cargo de tercer organista y tuvo que esperar cinco años antes de convertirse en primer organista. Pero a pesar de sus humillantes súplicas y un programa de trabajo pesado siguió recibiendo sólo el sueldo de tercer organista. . El 18 de agosto de 1741 la demanda de Cernohorský para volver a las tierras checas se le concedió; recibió su remuneración el 31 de agosto y dejó Padua en septiembre. Probablemente por razones de mala salud, se desprendió de sus arduas jornadas y buscó refugio en el monasterio minorita de María Hilf en Graz. Fue allí que murió, después de una larga enfermedad; se cantó un requiem  para él el 15 de febrero de 1742.