Hijo de Costanzo Cifra y de su esposa Claudia (no se conoce el acta del bautismo, pero en las portadas de sus obras impresas él se describe como 'romano'). Fue iniciado en los estudios musicales por su tío Alessandro, capellán en la iglesia romana de Santa María in Via Lata y capellán cantor en la capilla Giulia de San Pedro en el Vaticano; el 27 de junio de 1594, lo hizo entrar en la escuela de niños cantores de la iglesia de San Luigi dei Francesi, donde el joven Cifra continuó su aprendizaje musical con Giovanni Bernardino Nanino, maestro di cappella de esta iglesia, recibiendo al mismo tiempo las enseñanzas humanísticas de Giovanni Michelin y de Ottavio Daria. En agosto de 1596, dejó la escuela de San Luigi dei Francesi y, algún tiempo después, el 18 de enero de 1597, fue admitido como cantante soprano en la capilla Giulia de San Pedro, en la escuela de Ruggiero Giovanelli. Entre los antiguos historiadores (Bumey, Gerber, etc.) algunos argumentan que Cifra era también alumno de Giovanni Pierluigi da Palestrina, pero no hay documentos que prueben esto; no es improbable, sin embargo, que el joven estudiante, que gravitaba a través de su tío en el ambiente musical de San Pedro, haya disfrutado también -alrededor de los diecisiete años de edad- de las grandes enseñanzas del gran maestro. Este, de hecho, hasta los primeros meses de 1594 llevó a cabo el magisterio en la capilla Giulia. En esta institución Cifra permaneció hasta fines de marzo de 1598, participando activamente en las actuaciones corales en la basílica de San Pedro, después de lo cual, por la natural mutación de la voz, fue dado de alta de la capilla. En los años entre 1598 y 1606 continuó sus estudios, tal vez asistiendo a las enseñanzas del padre Girolamo Rosini, famoso sopranista de la capilla Sixtina y sacerdote del oratorio de San Filippo Neri. Más tarde fue cantor y organista en otras capillas eclesiásticas, preceptor de música y músico de familias nobles romanas (Filippi, Orsini, Moroni, Aldobrandini, Soderini etc.).

Portada de Motecta et Psalmi de Antonio Cifra, 1629

El compositor Antimo Liberati transmite algunas notas biográficas sobre ‘Antonio Cifira’, describiéndolo como hombre con mucho talento y diciendo que fue Maestro de Capilla del Serenísimo archiduque Carlos de Austria, hermano del emperador Fernando II. No se conocen otros documentos que confirmen la relación profesional de Cifra con la corte vienesa, pero la noticia que da Liberati no es in atendible del todo porque incluso él, famoso compositor y teórico, pasó algún tiempo en la misma corte, entre 1637 y 1643, y es probable que haya recogido información directa acerca de la presencia de Cifra. Esta estancia profesional de Cifra más allá de los Alpes quizá podría colocarse entre 1605 y 1608.

El 1 de octubre de 1605 la madurez artística de Cifra se evidencia por la salida del "Primolibro di madrigali a cinque voci (Opus I)", sobre textos de Guarini, Rinaldi, Tasso, Petrarca, Caro y Sannazzaro, impreso en Roma por Luigi Zannetti y dedicado al cardenal Ascanio Colonna, arcipreste de la basílica de Letrán; en el tono de la dedicatoria se refleja la aspiración de Cifra de entrar al servicio de la capilla musical de esa basílica. Entre 1605 y 1606 trabajó en el Seminario Romano, como maestro di cappella y profesor de música de los sacerdotes, cargo que abandonó en la primera mitad de 1606.

En 1608 Cifra fue admitido en el Colegio Germánico como 'musicae moderadore' y organista, además de maestro de teoría y canto de los jóvenes, sucediendo a Ottavio Catalani que había ocupado la misma posición desde el 1 de diciembre de 1603 al 8 de mayo de 1608 aproximadamente. Incluso en este instituto Cifra no se quedó mucho tiempo sin embargo: parece que su comportamiento inmoral y falta de dedicación demostrada en la enseñanza de los hijos de los cantantes del coro provocaron su despido, que se produjo entre el 15 de abril y el 29 de octubre de 1609. Cifra formó parte, tal vez, a partir de 1608, de la Congregación Romana de los músicos de Santa Cecilia, asociación que reunía a los mejores nombres del ambiente musical romano, con fines artísticos, organizativos musicalmente y asistenciales. Durante los años de actividad en el Seminario Romano y en el Colegio Germánico Cifra compuso mucha música sacra para los diversos servicios litúrgicos, motetes, salmos, etc. que vieron la luz en dos importantes editores e impresores romanos, G. B. Robletti y Luca Antonio Soldi; este último había sido cantante en la capilla Giulia y más tarde se convirtió en alumno y luego amigo de Cifra; dedicado a la edición musical, publicó varias colecciones de música sacra y secular de su maestro.
Pero la parte más impresionante de la producción musical sacra de Cifra fue compuesta y entregada a la prensa durante su magisterio en Loreto. La Santa Casa de Loreto disfrutó de una capilla musical floreciente que ya había contado entre sus maestros, compositores famosos, estrictamente seleccionados entre los muchos que aspiraban a esta posición. Cifra fue contratado en la capilla de Loreto el 28 de octubre de 1609, en lugar de Stefano Fabbri, y ocupó el cargo hasta el 28 de febrero de 1622, para luego regresar a ella en un período posterior. Durante estos primeros trece años de enseñanza publicó cientos de composiciones sacras. Al mismo tiempo continuó publicando también colecciones de madrigales, scherzos musicales y música instrumental, todos géneros que le solicitaban del ambiente secular para intermedios musicales que tenían lugar durante las academias y las reuniones sociales de la nobleza y la rica burguesía marquiana (de Marche) y romana. A pesar de su larga estancia en Loreto, de hecho no dejó de mantener estrechas relaciones con Roma, donde fue a menudo allí para cuidar de sus propios intereses, para seguir la publicación de sus propias composiciones y para mantenerse en contacto con sus protectores. Al parecer, siempre vivo en él el deseo de volver a trabajar en su ciudad natal. Mientras estaba activo en Loreto, antes de 1619, Cifra se casó con Brigida, hija de Agostino Ferrari.

Edición discográfica con una obra de Antonio Cifra

El 28 de febrero de 1622 terminó el primer período de magisterio en Loreto. Desde 1623 hasta junio de 1626 Cifra fue maestro di cappella en Roma en la basílica de San Giovanni in Laterano. Hacia fines de 1624 se ha señalado su presencia en Loreto; del 24 al 25 de agosto de 1625 estuvo presente en Roma, en la iglesia de San Luigi dei Francesi, donde dirigió el tercer coro durante las celebraciones de la festividad del patrón de la misma iglesia; el 27 de enero de 1626, para el aniversario del traslado del cuerpo de San Juan Crisóstomo, participó en ejecuciones musicales en San Pedro -junto con los cantores de la Capilla Giulia y con varios otros de diversas capillas romanas, incluyendo la Sixtina- dirigiendo el segundo coro. En junio de 1626 Cifra dejó su cargo en San Giovanni in Laterano para volver a Loreto, donde el cargo de maestro de capilla había quedado vacante por la salida de Fabio Costantini; en Roma Cifra fue reemplazado por Antonio María Abbatini. En los últimos años de actividad pasados entre Roma y Loreto Cifra mantuvo relaciones laborales y amistosas con Tiberio Cenci (gobernador de la Santa Casa di Loreto y obispo de Iesi), Giulio Roma obispo de Loreto y Recanati y Girolamo Rosini. Murió después de una epidemia y su cuerpo fue enterrado en Loreto 'in tumulo Societatis Sanctis'. Por el testamento de Cifra (29 de septiembre de 1629), se sabe de la existencia de un hermano del compositor llamado Giovanni. Entre los alumnos de Cifra, además de Luca Antonio Soldi, figuran Tizio Vitali, Francesco Foggia y Giovanni Moresi.

Cifra fue un prolífico compositor, con 45 publicaciones separadas a su cargo: ellas incluyen salmos, motetes, letanías, "Scherzi sacri", misas, motetes poli corales y canciones sacras, así como música secular que incluye madrigales tanto en la forma a capella del Renacimiento como en el concertato Barroco. Estilísticamente, la música de Cifra varía entre misas en el estilo Palestrina, con mucho empleo de homofonía (como lo deseaba el Consejo de Trento de la Contrarreforma, que había requerido que la elaboración polifónica fuera reducida al mínimo para tener una clara expresión del texto), y trabajos más progresistas en el estilo Veneciano. También usó la técnica de la monodia, que se había promovido en la Italia del norte, para algunos solos de sus madrigales. Algunos de sus madrigales concertato se parecen a pequeñas cantatas, y pueden ser vistos como presagiando este desarrollo, que comenzó a ocurrir alrededor del tiempo en que él murió.

Cifra fue también uno de los pocos compositores en ser influenciado por el extremo cromatismo de Carlo Gesualdo. A pesar de que Cifra no adoptó la técnica para muchos trabajos, o por mucho tiempo. Publicó sin embargo un libro de madrigales que parecen ser copias deliberadas del estilo de Gesualdo (el “Madrigali concertati libro quinto”, 1621). Para estos madrigales usó 18 de los propios textos de Gesualdo. Su música religiosa y sus madrigales le avalan como uno de los mejores representantes del paso de la polifonía a la monodia. Es una de las figuras significativas de transición entre las escuelas Renacentista y Barroca, y produjo música en ambos estilos. La carrera profesional de Cifra es importante para mostrar cómo en los siglos XVI y XVII se operó una ósmosis completa entre el ambiente musical sacro y el secular. En primer lugar todas las escuelas de música estaban vinculadas a las iglesias y catedrales, responsables de la formación de los cantantes, que luego podrían convertirse en músicos de capilla o de palacio, u operar en ambos ambientes, como es el caso de Cifra, que pasó su vida al servicio de basílicas y capillas eclesiásticas, pero también se desempeñó como profesor y músico en las academias de la nobleza romana y marquiana. Su producción musical refleja con precisión las necesidades de estos dos entornos. Para las academias, además de madrigales y scherzos, también escribió música instrumental, ricercares y canciones.