Pasó los primeros años de vida en un entorno cultural entre los más estimulantes de la Roma del siglo XVII: vivió en el palacio situado en la esquina de via del Corso y via Lata, no muy lejos de San Marcelo con el oratorio del SS. Crocifisso, los palacios de los Colonna, de los los Mancini, de los Aldobrandini y del Colegio Romano, conocidos centros propulsores de las distintas actividades musicales y literarias de la ciudad. No se sabe el nombre de su maestro; es cierto que Colista debió tener disposiciones precoces para la música, pues comenzó su carrera como 'niño cantor'. Entonces este tipo de formación musical era impartida o en iglesias como San Pedro (capilla Julia), Santa Maria Maggiore (capilla Liberiana), SS. Apostoli, San Giovanni dei Fiorentini, San Luigi dei Francesi, Santo Spirito in Sassia o incluso por los cantantes del Papa, por compositores, organistas privados, que se ocupaban especialmente de niños dotados de talento en el canto y la composición.

Frontispicio de la obra "Lelio Colista" de Helene Wesely-Kropik, con el Catálogo temático de las sonatas trío

Su formación se llevó a cabo con los jesuitas en el Seminario Romano, donde pudo establecer relaciones personales con A. C. Kircher y C. Schott. En 1648, a los diecinueve años, ya era famoso como laudista, guitarrista, tiorbista y compositor: 'insignis Cytharaedus, & veré Romanae Urbis Orpheus'. El estilo de algunas de sus primeras composiciones sugiere las de Stefano Landi (muerto en 1639), pero sin duda ya en estas primeras obras podemos ver la impronta de las sonatas en trío posteriores. En la sinfonía de cuatro laúdes el primer tiempo, construido en tonos eclesiásticos, se mueve en estricto contrapunto, mientras que los otros dos tiempos parecen impulsados por afecciones lastimosas y melancólicas. Desde el inicio de su actividad Colista se presenta como un revolucionario en el ámbito de la estructura tradicional de la música romana; en las arias, en las cantatas y sobre todo en las sonatas en trío Colista se abandonó a libres improvisaciones no sólo en la parte de violín sino también en la del bajo. Las  altas conexiones de su padre pueden haber ayudado a su rápido ascenso hacia la fama; en 1650 Kircher lo describió (en Musurgia universalis) como 'verè Romanae Urbis Orpheus'. En cuanto a las actividades de ejecutante no se tienen muchas noticias a pesar de que, en ese momento, se alentaba la actividad de un músico, más que en las iglesias y oratorios, en el ambiente más recogido de los salones aristocráticos y en los teatros privados. Su contemporáneo Gaspar Sanz, refiere que durante su periodo romano anterior a 1674, participó en muchas 'academias' en las que con frecuencia también tomaba parte Colista.

Con la subida al trono papal de Alejandro VII Chigi, comienza un período maravilloso en la vida del compositor. En 1656 su nombre aparece entre los veintidós escuderos en la familia de Alejandro VII con la paga de 4 escudos y medio por mes. El 25 de diciembre de 1659 fue nombrado stilus Curiae Romanae y, habiendo quedado vacante el puesto de ‘Custode delle pittore’ en la Capilla Sixtina por la muerte de Francesco Marini (octubre de 1658), Colista firmó por primera vez el 1 de enero de 1660 un recibo por el sueldo de camarlengo. Ocupó este puesto de custodio hasta su muerte y desde luego ocupó una posición de prestigio en la familia papal respecto de los otros instrumentistas romanos. Sobre la base de estos cargos papales es obvio que Colista pretendiera, ya sea en las iglesias o en los oratorios, la participación de los cantantes de la capilla Sixtina. Es extraño, sin embargo, que la indudable habilidad musical de Colista, verificable por las cuentas de sus altos honorarios, no encuentre confirmación en los testimonios de sus colegas músicos, quienes lo ignoran por completo hasta dejarlo caer en el olvido después de su muerte.

Edición discográfica de obras de Lelio Colista

Colista era muy solicitado para  las reuniones privadas de la aristocracia: Kircher describe una interpretación de una de sus sonatas trío en una academia; y el 17 de enero de 1661, en la capilla del embajador español, Robert Southwell refiere que el tiorbista Lelio Colista tocó preciosos ‘volenteryes'. Participó en 14 oratorios en San Giovanni dei Francesi durante el Año Santo de 1675, asociado con los músicos más ilustres de la época –Bernardo Pasquini, Ercole Bernabei, Atto Melani, Alessandro Stradella, Carlo Lonati, y su pariente Carlo Mannelli. El 3 de febrero formó parte del concertino instrumental e ‘Il Bolognese' (Arcangelo Corelli) figura en el concerto grosso. En 1664, en el séquito del cardenal Flavio Chigi en una misión diplomática, fue a París, donde dio conciertos con gran éxito para Luis XIV, junto con Bernardo Pasquini. Parece que su presencia en París dejaría una notable impresión: es el único italiano, con Giacomo Carissimi, que aparece con seis obras de 'une agréable doucer' en un manuscrito francés de la segunda mitad del siglo XVII. El regreso a Roma se llevó a cabo el 9 de octubre de 1664. En este periodo se inició la notable fortuna económica de Colista. No sólo fue uno de los músicos más renombrados de su tiempo, también era un astuto hombre de negocios que por hábiles transacciones financieras juntó una considerable fortuna que le permitió vivir en la Vía del Corso, la parte más de moda de Roma, y mantener un séquito de sirvientes. Invirtió en bonos del estado 4.600 escudos en cuatro años, llevó a cabo transacciones financieras, compró dos propiedades. Sus cotizaciones fueron aumentando gradualmente: desde los modestos 10 escudos y 67 liras de 1663 hasta 190 escudos en los años 1668-1670. Así como de los honorarios derivados de la actuación como solista, como maestro y compositor, sus fondos se incrementaron con los regalos honoríficos de los nobles protectores, tanto es así que su posición económica era ciertamente sólida cuando el 8 de septiembre de 1669 se casó con la muchacha romana Margarita Petrignani.

En Roma trabajó en San Luigi dei Francesi en 1658-1659 y 1673-1675; de 1660 a 1680 fue laudista en el Oratorio de San Marcello, donde también fue maestro di cappella en 1661 y en 1667. En 1675, Año Santo, formó parte, con Colista Marinelli y B. Pasquini, del "concertino" de la orquesta formada para la ejecución de catorce oratorios de la Compagnia della Pietà en San Giovanni dei Fiorentini. Si bien no parece haber formado parte de la Congregación de Santa Cecilia, que vio entre sus miembros a dos de sus hijos y dos de sus nietos, el 4 de octubre de 1675 entró en la Arciconfraternita delle Sacre Stimmate di S. Francesco - a la que se había unido su suegro Girolamo Petrignani, en 1649, y su hija Margarita, desde enero de 1661-, hecho que le abrió por cierto otra esfera de actividad artística.

Ya padre de cinco hijos (Leopoldo, Domenico Bartolomeo, Giacinto, Angelica, Chiara), verá el nacimiento del sexto -Giovanni Battista Saverio Lelio- dos días antes de morir. El 9 de octubre de 1680, gravemente enfermo por causas desconocidas, dictó su testamento 'nuncupativo' al notario Giovanni Battista Rondini, en presencia de siete testigos. De gran importancia es el inventario de los bienes hereditarios de Colista, del cual llama la atención el notable patrimonio acumulado en su más bien breve carrera musical, entre los que se  destacan treinta y cinco instrumentos musicales, lujosos muebles, un increíble número de pinturas y diversos adornos, rica platería y joyería, etc.

Salvo unas piezas impresas como ejemplos por Kircher, ninguna de las composiciones de Colista se publicó durante su vida. Los manuscritos supervivientes presentan problemas casi insuperables de fecha y atribución. Debe darse prioridad quizás a las fuentes de procedencia romana, que lanzan dudas sobre la autenticidad de varios manuscritos ingleses que han sido atribuidos erróneamente en ediciones modernas. Por ejemplo, la 'sonata' de ‘el famoso, Lelio Calista' citada por Purcell en Playford's Introduction to the Skill of Musick (1694) es atribuida a Lonati en las fuentes italianas; las suites de baile en Trinity College, Dublín, son de hecho del Op. 4 de Giovanni Battista Vitali; y no hay ninguna evidencia de que la sonata encabezada ‘N.N. Romano' en una antología boloñesa de 1680 sea de Colista. La producción de Colista es principalmente instrumental. Comparado con sus contemporáneos más jóvenes, Lonati y Stradella, sus Sinfonías aparecen técnicamente poco exigentes, pero algunas contienen bajas normas para la improvisación de solos. Precursor reconocido del propio Corelli y del inglés Henry Purcell, autor de arias y cantatas -en cuyo estilo se siente la influencia de Carissimi- quizás artísticamente más válidas que las de sus contemporáneos Antonio Cesti y Stradella, el nombre de Colista cayó de manera extraña y rápidamente en el olvido en Italia. De sus hijos, Domenico Bartolomeo y Giovanni Battista Saverio Lelio fueron músicos, violinista el primero y organista y compositor el segundo. Los hijos de este último, Matteo y Alessio fueron miembros de la Congregazione di Santa Cecilia y Matteo era organista y compuso algunas arias y motetes, continuando en la vena de su abuelo.