Hijo de un fabricante de órganos veneciano y emparentado con Gioseffo Zarlino (1517-1590), fue discípulo de Agostino Filipuzzi en su ciudad natal. Luego se trasladó a Roma donde estudió composición con Antonio Abbatini, Giacomo Carissimi y Orazio Benevoli. En Roma fue organista de la iglesia de San Apollinare, donde un poema escrito en alabanza a su música muestra que empezó a distinguirse como compositor en 1659. Por ese año fue escogido organista en San Petronio en Bolonia, donde el 1 de noviembre de 1674 se hizo maestro di cappella.

Edición discográfica de obras de Giovanni Colónna

Fue uno de los fundadores de la famosa Accademia Filarmonica, en la cual se le otorgó por cuatro veces el cargo de “Príncipe” (presidente). Fundó en Bolonia una escuela de música de la que salieron célebres músicos, como Giovanni Bononcini, Giuseppe Felice Tosi, Francesco Antonio Urio y Giovanni Clari.

Publicó desde 1681 a 1691 muchas composiciones eclesiásticas y oratorios, y en 1693 presentó en Bolonia la ópera “Amilcare di Cipro”. La mayoría de las obras de Colónna son para la iglesia, incluyendo escenas de salmos para tres, cuatro, cinco y ocho voces, y varias misas y motetes. También compuso la única ópera mencionada y varios oratorios, entre los que destaca "La Profezia d'Eliseo nell’assedio di Samaria". El emperador Leopold I recibía una copia de cada composición de Colónna, por lo que la biblioteca imperial de Viena posee más de 83 composiciones de iglesia suyas.

El estilo de Colónna es en su mayor parte dignificado, pero no está libre de las desigualdades de estilo y sabor casi inevitable en un periodo en que la música de iglesia estaba en un estado de transición, y apenas había aprendido a combinar la gravedad del viejo estilo con el brillo del nuevo. Como si la igualdad fuera en todo caso una virtud musical.

De sus composiciones sacras no sobreviven más de un centenar, impresas y manuscritas, en los fondos bibliotecarios de Bolonia, Módena, Londres, Oxford y Viena en particular.