Juan Bautista fue niño corista en la Catedral de Valencia desde 1594 hasta el 1 de agosto de 1596. Estudió con Juan Ginés Pérez. Posiblemente trabajó como organista y maestro de coro en Sueca (Valencia) en 1602 y era empleado en la Catedral de Lérida entre 1605 y 1608 como cantante y más tarde como maestro de capilla. Volvió a Valencia en 1608 como vice maestro de capilla del Real Colegio de Corpus Christi (Patriarca), y el 20 de abril de 1613 fue nombrado maestro de capilla de la Catedral de Valencia. Comes fue ordenado como prior  el 15 de mayo de 1615 y tres años después fue nombrado vice maestro de la capilla real, Madrid.

Edición discográfica de obras de Juan Bautista Comes

Sus cartas existentes sugieren que extrañaba la vida en Valencia y archivos de pago indican que estuvo ausente de la capilla real tres veces entre 1622 y 1626, por periodos que van desde varios meses hasta más de un año y medio. A pesar de la adicional  'plaza de Borgoña' que le otorgó la corte, volvió definitivamente a Valencia como maestro de capilla de la Patriarca el 29 de junio de 1628, y fue recontratado como maestro por la Catedral de Valencia el 16 de octubre de 1632. En 1638 fue relevado de sus deberes relativos al coro de niños aun cuando mantuvo su sueldo completo, y las autoridades continuaron pagando por el tratamiento médico y otros gastos personales, incluso reembolsando a sus herederos unos 400 libras (menos el valor de ciertos préstamos) por las composiciones que legó a la catedral a su muerte. Fue enterrado en el panteón de los sacerdotes de la Catedral de Valencia.

Aproximadamente 215 composiciones de Comes sobreviven, muchas de las cuales son para dos a cuatro coros. Su "Dixit Dominus" de 17 partes contiene indicaciones instrumentales, mientras otras obras incluyen los nombres de los cantantes solistas para cada parte en tres de los cuatro coros. El arreglo que hizo de la "Pasión según San Mateo" del compositor renacentista flamenco Jan Nasco agrega o substrae partes o secciones para reflejar el número de personas en la narrativa.  Su Misa en stile antico "Exsultet caelum" contiene sorprendentes pasajes armónicos, mientras sus dos misas parodia, "Iste confessor" y "Ad instar praelii constructa" (ambas con continuo), usa misas (no motetes) como sus modelos, a saber la misa "Iste confessor" de Palestrina y la misa "Pro victoria" de Victoria respectivamente. Casi la mitad de las obras existentes de Comes son músicas sobre textos españoles devotos como tonadas o villancicos; estos tienen secciones para voz sola y coro y usan estilos musicales populares y serios en una estructura poco común de tres partes.