Conocido como Philidor le cadet. Era hijo de Jean Danican y hermano menor de André Danican Philidor, l'aîné. En 1667 se unió a su padre en los Fifres et Tambours, una ocupación que lo llevó a varias campañas del ejército. Cuando su padre murió en 1679 tomó su puesto entre los Cromornes et Trompettes Marines y en 1682 se unió a los Grands Hautbois. En 1690 se hizo miembro oficial de los Petits Violons como fagotista y también tocó en la capilla real.

Edición discográfica con una obra de Jacques Danican Philidor

También parece haber sido fabricante de instrumentos; cuando murió poseía 'herramientas que sirven para hacer instrumentos musicales' además de 44 instrumentos, la mayoría de ellos de viento de madera. Sólo unas pocas de sus marchas y danzas sobreviven en antologías manuscritas; los volúmenes de la Colección de Philidor que contienen más de sus trabajos se han perdido.

Jacques Danican Philidor tuvo 12 hijos, de los cuales cuatro fueron músicos: Pierre Danican Philidor; Jacques Danican Philidor II (1686-1709), quién habría heredado los puestos de su padre en los Fifres et Tambours pero que murió en acción en España mientras servía como tambor en los guardias del Duque de Orléans; François Danican Philidor II (1695-1726), quién se unió a los Grands Hautbois en 1716 después de haber servido también como tambor al Duque de Orléans, y quién en el momento de su muerte tenía el título de timbalista de la Reina de España; y Nicolas Danican Philidor (1699-1769), quién sucedió a su hermano Pierre como gran hautbois (1726) y como intérprete de viola en la cámara del rey (1731) y después tocó serpentón en la capilla real.