Durante un breve tiempo fue alumno de Louis Marchand. A los ocho años de edad él mismo dirigió su obra coral “Beatus Vir”. A la edad de 12 años, se hizo organista en la Sainte-Chapelle, y en el año siguiente ocupó un cargo similar en la iglesia de Petit St. Antoine.

Edición discográfica con una obra de Claude Daquin

En 1727 Daquin fue designado organista en la iglesia de San Pablo en París, imponiéndose sobre Jean-Philippe Rameau para el trabajo. Cinco años más tarde se hizo organista, sucediendo a Louis Marchand, en el Cordeliers. En 1735 publicó su “Premier Livre de Pièces de Clavecin, Troisième Suite”.

En 1739 se hizo organista del rey. En 1755 sucedió a Antoine Calvière como organista titular en la catedral de Notre-Dame de París.

En 1757 publicó su magnífico libro de Noëls, que no lleva ningún prefacio y por lo tanto debió sorprender a los intérpretes de su tiempo por varios aspectos, por ejemplo el de la tesitura del pedal (que llega hasta el Si bemol agudo) o el “Recit en taille” escrito por debajo del acompañamiento y que parece a menudo estar por encima. Este libro contiene algunas de sus improvisaciones para clavicordio.
Por su reputación como un deslumbrante intérprete del teclado, Daquin fue muy apreciado por la aristocracia y su gran maestría en el órgano atrajo considerables muchedumbres para escucharlo. Como virtuoso organista y clavecinista, era conocido por su "precisión inquebrantable y su serenidad", reflejadas en su composición más famosa, “Le Coucou” y en la “Noël Suisse”.

Su música que sobrevive, en estilos Barroco y Galante, incluye cuatro suites para clavicordio, arreglos de pastorales navideñas (noëls), una cantata y un air à boire.