Fue allí organista desde 1620 hasta su muerte y durante este periodo desempeñó sucesivamente otros tres oficios: procurador (1625-31), sacristán (1631-40) y sub prior (1640-52). Es conocido por dos tratados sobre música: en latín, "Notae Augustinianae, sive Musices figurae seu notae novae concinendis modulis faciliores tabulaturis organicis exhibendis aptiores" (Gante, 1657), y, en flamenco, "Den ouden ende nieuwen grondt van de musijcke" (Gante, 1662). El último es considerablemente el más grande, aunque contiene en gran parte el mismo material del primero: cualidades de tonos y acordes, consonancias y disonancias, contrapunto y bajo continuo, así como la división de los monocordios e instrumentos.

También inventó una nueva serie de sílabas de solfeo que cubren la escala enarmonica y basada en las series Guidonianas, el sostenido siendo representado por la vocal 'i' y el bemol por la 'a': C = ut, C = it, D = ra, D = re, D = ri, E = ma, E = mi, F = fa, F = fi, G = sal, G = sol, G = sil, A = lae, A = la, B/A = li, C/B = at. La exposición está ilustrada con 11 tablas, la última de las cuales contiene, en anotación vieja y nueva, la canción de dos partes "Magne pater Augustine, preces nostras suscipe", probablemente compuesta por el propio Elst en honor del fundador de su orden.