En noviembre de 1679 él y Robert King compartieron el puesto de  £110 anuales de John Banister como violinistas en la Música Privada. Fue uno de los que acompañaron a James, Duque de York, a Escocia, que sobrevivió al choque de la fragata Gloucester fuera de la costa de Norfolk el 6 de mayo de 1682. Recibió el Cambridge BMus en 1684. Fue nombrado miembro de la Música Privada recientemente reorganizada al subir al trono James II en 1685, y sirvió como instrumentista en la capilla católica del rey, que se inauguró el día de Navidad de 1686.

Edición discográfica de obras de Thomas Farmer

La fecha de su muerte sólo se establece por el hecho de que Henry Purcell escribió una elegía para conmemorar a Farmer sobre un texto de Nahum Tate, publicada en Orpheus Britannicus, y que empieza ‘Young Thyrsis' fate ye hills and groves deplore'. Esto establece el hecho de que Farmer murió antes de noviembre de 1695 (mes de la muerte de Purcell), y probablemente murió joven. John Hawkins dice que su casa estaba en Martlet Court, Bow Street, Covent Garden. La referencia al ‘Young Thyrsis' sugiere que él no era el músico llamado Thomas Farmer nacido en noviembre de 1615 que vivió en la parroquia de St Andrew´s, Holborn, y se convirtió en ciudadano de la Compañía de Draper en 1650.  El estilo de su música es compatible con alguien nacido alrededor de 1650. 

Farmer fue uno de los compositores de la compañía de teatro del Duque en Dorset Garden y contribuyó con canciones a “The Citizen Turned Gentleman” de  Edward Ravenscroft (Julio de 1672), “The Cheats of Scapin” de  Thomas Otway (?diciembre de 1676), “Sir Patient Fancy” de Aphra Behn (enero de 1678), “Brutus of Alba” de  Nahum Tate (?junio de 1678), “Troilus and Cressida” de  John Dryden (abril de 1679), “Caesar Borgia” de  Nathaniel Lee (?mayo de 1679), “The Virtuous Wife” de  Thomas D´Urfey (septiembre de 1679), “The Soldier´s Fortune” de Otway (?junio de 1680), “The Princess of Cleve” de Lee (?septiembre de 1680), “The Second Part of the Rover” de  Behn (?enero de 1681), y (para la United Company en Drury Lane) “Constantine the Great” de Lee (noviembre 1683). 

Escribió probablemente también una buena cantidad de música incidental en el teatro. Su "Consort of Musick in Four Parts" (Londres, 1686) consiste en suites de la clase usada en obras, y varias obras similares existen en manuscritos; sin embargo, sólo una, la suite para "The Princess of Cleve" de Lee, puede identificarse con toda seguridad con una obra particular. La Sonata en La Mayor para violín y continuo puede ser la más antigua de su tipo por un inglés. La música de Farmer tiende a ser competente pero no esforzada, y el tributo empalagoso que le rindió Purcell estaba presumiblemente más referido a sus habilidades como intérprete que como compositor.